[日本語] English
万見
- PDB-1tul: STRUCTURE OF TLP20 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tul
タイトルSTRUCTURE OF TLP20
要素TLP20
キーワードTELOKIN-LIKE PROTEIN
機能・相同性Baculovirus telokin-like protein 20 / Telokin-like protein, Tlp20, baculovirus / Baculovirus telokin-like protein 20 superfamily / Nucleopolyhedrovirus telokin-like protein-20 (TLP20) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / Distorted Sandwich / Mainly Beta / Telokin-like protein 20
機能・相同性情報
生物種Autographa californica nucleopolyhedrovirus (ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Rayment, I. / Holden, H.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Molecular structure of a proteolytic fragment of TLP20.
著者: Holden, H.M. / Wesenberg, G. / Raynes, D.A. / Hartshorne, D.J. / Guerriero, V. / Rayment, I.
履歴
登録1996年8月17日処理サイト: BNL
改定 1.01997年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TLP20


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1801
ポリマ－12,1801
非ポリマー00
水72140
1
A: TLP20

A: TLP20

A: TLP20


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5403
ポリマ－36,5403
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_564-z+1/2,-x+1,y-1/21
crystal symmetry operation10_655-y+1,z+1/2,-x+1/21
Buried area3760 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area14400 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.300, 76.300, 76.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

-
要素

#1: タンパク質 TLP20


分子量: 12179.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Autographa californica nucleopolyhedrovirus (ウイルス)
属: Nucleopolyhedrovirus / 参照: UniProt: Q06691
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.52 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 60 %
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: macroseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.8-0.9 Mammonium sulfate1drop
20.25 mM1dropNaN3
41.8 Mammonium sulfate1reservoir
3Na+/K+ succinate1drop

-
データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 日付: 1992年9月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 36733 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.048
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 7732 / Num. measured all: 36733
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.3 Å / Num. unique obs: 927 / Num. measured obs: 2394 / Rmerge(I) obs: 0.242

-
解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
XDSデータ削減
精密化解像度: 2.2→30 Å / σ(F): 0
詳細: TNT MEAN B (A**2) :24.9 (BACKBONE) PLANAR 1-4 DISTANCE :.004
Rfactor反射数%反射
Rwork0.181 --
obs-7727 99.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数811 0 0 40 851
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.93
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.181
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg18.7
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.013

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る