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- PDB-1tue: The X-ray Structure of the Papillomavirus Helicase in Complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tue
タイトルThe X-ray Structure of the Papillomavirus Helicase in Complex with its Molecular Matchmaker E2
要素
  • Regulatory protein E2
  • Replication protein E1
キーワードREPLICATION / Human papillomavirus / helicase / E1E2 complex / AAA+ protein
機能・相同性
機能・相同性情報


host cytoskeleton / viral DNA genome replication / host cell mitochondrial membrane / regulation of DNA replication / DNA helicase activity / viral genome replication / DNA helicase / DNA replication / host cell cytoplasm / DNA-binding transcription factor activity ...host cytoskeleton / viral DNA genome replication / host cell mitochondrial membrane / regulation of DNA replication / DNA helicase activity / viral genome replication / DNA helicase / DNA replication / host cell cytoplasm / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
E2 (early) protein, N terminal domain, subdomain 1 / Regulatory Protein E2; Chain: A; Domain 2 / Papillomavirus E2 early protein domain / DNA helicase E1, C-terminal, Papillomavirus / DNA helicase E1, N-terminal, Papillomavirus / Replication protein E1, papillomavirus / DNA helicase E1, DNA-binding domain, papillomavirus / DNA helicase E1, DNA-binding domain superfamily, papillomavirus / Papillomavirus helicase / E1 Protein, N terminal domain ...E2 (early) protein, N terminal domain, subdomain 1 / Regulatory Protein E2; Chain: A; Domain 2 / Papillomavirus E2 early protein domain / DNA helicase E1, C-terminal, Papillomavirus / DNA helicase E1, N-terminal, Papillomavirus / Replication protein E1, papillomavirus / DNA helicase E1, DNA-binding domain, papillomavirus / DNA helicase E1, DNA-binding domain superfamily, papillomavirus / Papillomavirus helicase / E1 Protein, N terminal domain / Papillomavirus E1, DNA-binding domain / Papillomavirus E2, C-terminal / Papillomavirus E2, N-terminal / Regulatory protein E2 / E2 regulatory, transactivation domain / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 1 / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 2 / E2 (early) protein, N terminal / E2 (early) protein, C terminal / Zinc finger, large T-antigen D1 domain superfamily / E2/EBNA1, C-terminal / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / Beta Complex / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Replication protein E1 / Regulatory protein E2 / Regulatory protein E2
類似検索 - 構成要素
生物種Human papillomavirus type 18 (パピローマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Abbate, E.A. / Berger, J.M. / Botchan, M.R.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2004
タイトル: The X-ray structure of the papillomavirus helicase in complex with its molecular matchmaker E2
著者: Abbate, E.A. / Berger, J.M. / Botchan, M.R.
履歴
登録2004年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replication protein E1
B: Regulatory protein E2
D: Replication protein E1
E: Regulatory protein E2
F: Replication protein E1
G: Regulatory protein E2
H: Replication protein E1
J: Regulatory protein E2
K: Replication protein E1
L: Regulatory protein E2
M: Replication protein E1
Q: Regulatory protein E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)298,21712
ポリマ－298,21712
非ポリマー00
水17,457969
1
A: Replication protein E1
B: Regulatory protein E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7032
ポリマ－49,7032
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Replication protein E1
E: Regulatory protein E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7032
ポリマ－49,7032
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
F: Replication protein E1
G: Regulatory protein E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7032
ポリマ－49,7032
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
H: Replication protein E1
J: Regulatory protein E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7032
ポリマ－49,7032
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
K: Replication protein E1
L: Regulatory protein E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7032
ポリマ－49,7032
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
M: Replication protein E1
Q: Regulatory protein E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7032
ポリマ－49,7032
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.297, 88.745, 375.027
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細There are six copies of the biological assembly in the assymetric unit.

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要素

#1: タンパク質
Replication protein E1


分子量: 24617.115 Da / 分子数: 6 / 変異: C14A,V15L,R90A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human papillomavirus type 18 (パピローマウイルス)
属: Alphapapillomavirus / 生物種: Human papillomavirus - 18 / 遺伝子: E1 / プラスミド: pMALc2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XA90 / 参照: UniProt: P06789
#2: タンパク質
Regulatory protein E2


分子量: 25085.650 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human papillomavirus type 18 (パピローマウイルス)
属: Alphapapillomavirus / 生物種: Human papillomavirus - 18 / 遺伝子: E2 / プラスミド: pGEX2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XA90 / 参照: UniProt: Q80B71, UniProt: P06790*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 969 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6
詳細: 7-10% PEG 3,350, 50mM MES, 20-40mM MgCl, pH 6.0, Microbatch, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.483,1.501
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月28日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.4831
21.5011
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 161300 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.049
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.379 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2625 8003 5 %RANDOM
Rwork0.2188 ---
all0.22098 ---
obs0.22098 151539 99.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.459 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.44 Å20 Å20 Å2
2---0.74 Å20 Å2
3---0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19217 0 0 969 20186
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02219784
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9871.90426849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.12452318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.34724.3761010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.293153251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.4111579
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.22801
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0215273
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.28881
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.213475
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.21219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1870.2156
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6091.511632
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.145218841
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.33238152
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1064.58008
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 576 -
Rwork0.266 10003 -
obs--90.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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