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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tua | ||||||
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タイトル | 1.5 A Crystal Structure of a Protein of Unknown Function APE0754 from Aeropyrum pernix | ||||||
要素 | Hypothetical protein APE0754仮説 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / protein structure initiative / MCSG / Aeropyrum pernix (アエロピュルム・ペルニクス) / Four layers alpha-beta sandwich / PSI / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aeropyrum pernix (アエロピュルム・ペルニクス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, R. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: 1.5A crystal structure of a hypothetical protein APE0754 from Aeropyrum pernix 著者: Zhang, R. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tua.cif.gz | 52.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tua.ent.gz | 37.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tua.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/1tua ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/1tua | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | This protein existed as monomer. The deposited coords. represents the monomer in the asymmtric unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21770.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (アエロピュルム・ペルニクス) 遺伝子: GI:14600942 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9YE16 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.412 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9797 Å |
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月21日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9797 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 63292 / Num. obs: 61520 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 17.61 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.437 / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / Num. unique all: 6292 / % possible all: 95.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→20.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 439793.35 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.2203 Å2 / ksol: 0.443564 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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