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- PDB-1tu9: Crystal Structure of a Protein PA3967, a Structurally Highly Homo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tu9
タイトルCrystal Structure of a Protein PA3967, a Structurally Highly Homologous to a Human Hemoglobin, from Pseudomonas aeruginosa PAO1
要素hypothetical protein PA3967
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Heme / hemoglobin / Pseudomonas aeruginosa PAO1 / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PROPANOIC ACID / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Kim, Y. / Joachimiak, A. / Skarina, T. / Egorova, O. / Bochkarev, A. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of PA3967 from Pseudomonas aeruginosa PAO1, a Hypothetical Protein which is highly homologous to human Hemoglobin in structure.
著者: Kim, Y. / Joachimiak, A. / Skarina, T. / Egorova, O. / Bochkarev, A. / Savchenko, A. / Edwards, A.
履歴
登録2004年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32014年4月30日Group: Data collection
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein PA3967
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8805
ポリマ－15,0651
非ポリマー8154
水4,900272
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.557, 52.557, 182.628
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-329-

HOH

21A-349-

HOH

31A-361-

HOH

41A-521-

HOH

51A-527-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 hypothetical protein PA3967


分子量: 15065.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / プラスミド: modified pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q9HX49
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-PPI / PROPANOIC ACID / プロピオン酸


分子量: 74.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG3350, sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.9794
シンクロトロンAPS 19-ID21.74031, 1.74127, 1.6270
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2004年6月14日mirrors
SBC-22CCD2004年6月14日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double crystal monochromatorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
21.740311
31.741271
41.6271
反射解像度: 1.2→45.64 Å / Num. all: 47042 / Num. obs: 45270 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 75.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
CCP4位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.2→45.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.248 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19057 4538 10 %RANDOM
Rwork0.16118 ---
all0.164 40732 --
obs0.164 40732 94.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.409 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20.09 Å20 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3----0.27 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.045 Å0.046 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→45.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1030 0 56 272 1358
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0211160
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021030
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4812.0621579
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.13232365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.8455142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg22.35321.73152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.62415188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0771513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1850.2157
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02259
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.4060.2333
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2820.21308
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1130.2626
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2130.2172
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0940.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1480.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3020.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4531.5886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4221.5282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.55821090
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6773573
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7364.5487
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.03532678
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.2893272
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.93432160
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.364 276
Rwork0.298 2225
obs-2225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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