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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tu5 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of bovine plasma copper-containing amine oxidase | |||||||||
![]() | Copper amine oxidase, liver isozyme | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Amine oxidase / quinoenzyme / TPQ | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Phase I - Functionalization of compounds / primary-amine oxidase / aliphatic amine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / early endosome / copper ion binding / response to antibiotic / Golgi apparatus ...Phase I - Functionalization of compounds / primary-amine oxidase / aliphatic amine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / early endosome / copper ion binding / response to antibiotic / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Lunelli, M. / Di Paolo, M.L. / Biadene, M. / Calderone, V. / Scarpa, M. / Battistutta, R. / Rigo, A. / Zanotti, G. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of amine oxidase from bovine serum. 著者: Lunelli, M. / Di Paolo, M.L. / Biadene, M. / Calderone, V. / Battistutta, R. / Scarpa, M. / Rigo, A. / Zanotti, G. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray data of amine oxidase from bovine serum 著者: Calderone, V. / Di Paolo, M.L. / Trabucco, M. / Biadene, M. / Battistutta, R. / Rigo, A. / Zanotti, G. #2: ジャーナル: Structure / 年: 1995 タイトル: Crystal structure of a quinoenzyme: copper amine oxidase of Escherichia coli at 2 A resolution 著者: Parsons, M.R. / Convery, M.A. / Wilmot, C.M. / Yadav, K.D. / Blakeley, V. / Corner, A.S. / Phillips, S.E. / McPherson, M.J. / Knowles, P.F. #3: ![]() タイトル: Crystal structure of a eukaryotic (pea seedling) copper-containing amine oxidase at 2.2 A resolution 著者: Kumar, V. / Dooley, D.M. / Freeman, H.C. / Guss, J.M. / Harvey, I. / McGuirl, M.A. / Wilce, M.C. / Zubak, V.M. #4: ![]() タイトル: The crystal structure of Pichia pastoris lysyl oxidase 著者: Duff, A.P. / Cohen, A.E. / Ellis, P.J. / Kuchar, J.A. / Langley, D.B. / Shepard, E.M. / Dooley, D.M. / Freeman, H.C. / Guss, J.M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 278.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 219.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is the dimer in the asymmetric unit |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 82951.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-糖 , 2種, 5分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | #3: 糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 419分子 ![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CA / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M KH2PO4, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月22日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.37→27.85 Å / Num. obs: 49368 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 30.1 Å2 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.37→2.5 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 4684 / Rsym value: 0.39 / % possible all: 77.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1OAC, 1KSI, 1N9E 解像度: 2.37→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 830339.94 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.8916 Å2 / ksol: 0.388686 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.37→25 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.37→2.52 Å / Total num. of bins used: 6 /
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Xplor file |
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