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- PDB-1ttv: NMR Structure of a Complex Between MDM2 and a Small Molecule Inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ttv
タイトルNMR Structure of a Complex Between MDM2 and a Small Molecule Inhibitor
要素Ubiquitin-protein ligase E3 Mdm2
キーワードLIGASE / MDM2 / protein-protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of biological quality / positive regulation of mitotic cell cycle / RING-type E3 ubiquitin transferase / p53 binding / ubiquitin protein ligase activity / regulation of gene expression / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process ...regulation of biological quality / positive regulation of mitotic cell cycle / RING-type E3 ubiquitin transferase / p53 binding / ubiquitin protein ligase activity / regulation of gene expression / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others ...E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IMY / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Fry, D.C. / Emerson, S.D. / Palme, S. / Vu, B.T. / Liu, C.M. / Podlaski, F.
引用ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2004
タイトル: NMR structure of a complex between MDM2 and a small molecule inhibitor.
著者: Fry, D.C. / Emerson, S.D. / Palme, S. / Vu, B.T. / Liu, C.M. / Podlaski, F.
履歴
登録2004年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 600HETEROGEN AUTHOR NOTED THAT THE piperizinyl moiety produced no NOEs, so the positions of its atoms ...HETEROGEN AUTHOR NOTED THAT THE piperizinyl moiety produced no NOEs, so the positions of its atoms could not be determined experimentally AND ARE NOT INCLUDED IN THE COORDINATES.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-protein ligase E3 Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7742
ポリマ－12,2071
非ポリマー5681
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)18 / 42structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #4fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-protein ligase E3 Mdm2 / p53-binding protein Mdm2 / Double minute 2 protein / Xdm2


分子量: 12206.883 Da / 分子数: 1 / 断片: resiudes 13-119 / 変異: I50L, P92H, L95I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: MDM2 / プラスミド: pUBS 520 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P56273, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-IMY / 1-{[4,5-BIS(4-CHLOROPHENYL)-2-(2-ISOPROPOXY-4-METHOXYPHENYL)-4,5-DIHYDRO-1H-IMIDAZOL-1-YL]CARBONYL}PIPERAZINE / CIS-[4,5-BIS-(4-CHLOROPHENYL)-2-(2-ISOPROPOXY-4-METHOXYPHENYL)-4,5-DIHYD ROIMIDAZOL-1-YL]-PIPERAZIN-1-YL-METHANONE


分子量: 567.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H32Cl2N4O3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1312D 13C/15N-filtered NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.6mM 13C/15N-MDM2; 3.5mM inhibitor; 50mM d13-MES; 150mM KCl; 50mM d10-DTT; 1.5mM NaN3
溶媒系: 92% H2O, 8% D2O
試料状態イオン強度: 50mM d13-MES; 150mM KCl; 50mM d10-DTT; 1.5mM NaN3
pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix2000Hare et al.解析
NMRView5.0.3Johnson and Blevinsデータ解析
CNX2000.1Brunger et al.構造決定
CNX2000.1Brunger et al.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Structure calculations utilized 1169 NOE-based distance constraints, of which 54 were intermolecular; 176 dihedral angle constraints; and 48 hydrogen bond constraints. The piperazinyl moiety ...詳細: Structure calculations utilized 1169 NOE-based distance constraints, of which 54 were intermolecular; 176 dihedral angle constraints; and 48 hydrogen bond constraints. The piperazinyl moiety of the inhibitor gave no NOEs, hence the positions of its atoms are not known and the stereochemistry is not rigorously established.
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 42 / 登録したコンフォーマーの数: 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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