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万見
- PDB-1ttu: Crystal Structure of CSL bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ttu
タイトルCrystal Structure of CSL bound to DNA
要素
  • 5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*T)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*A)-3'
  • lin-12 And Glp-1 transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / beta-trefoil domain / protein-DNA complex / rel homology region / CSL / Notch signaling / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


stem cell fate determination / regulation of mesodermal cell fate specification / dauer exit / positive regulation of vulval development / CSL-Notch-Mastermind transcription factor complex / cell projection morphogenesis / oocyte growth / germ-line stem cell division / nematode larval development / egg-laying behavior ...stem cell fate determination / regulation of mesodermal cell fate specification / dauer exit / positive regulation of vulval development / CSL-Notch-Mastermind transcription factor complex / cell projection morphogenesis / oocyte growth / germ-line stem cell division / nematode larval development / egg-laying behavior / regulation of cell fate specification / cell fate determination / Notch binding / cell fate specification / Notch signaling pathway / transcription coactivator binding / positive regulation of miRNA transcription / RNA polymerase II transcription regulator complex / regulation of gene expression / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
LAG1, DNA binding domain / Beta-trefoil DNA-binding domain / RBP-J/Cbf11/Cbf12, DNA binding / Beta-trefoil domain superfamily / RBP-J/Cbf11, DNA binding domain superfamily / RBP-Jkappa, IPT domain / Suppressor of hairless-like / Beta-trefoil DNA-binding domain / LAG1, DNA binding / TIG domain ...LAG1, DNA binding domain / Beta-trefoil DNA-binding domain / RBP-J/Cbf11/Cbf12, DNA binding / Beta-trefoil domain superfamily / RBP-J/Cbf11, DNA binding domain superfamily / RBP-Jkappa, IPT domain / Suppressor of hairless-like / Beta-trefoil DNA-binding domain / LAG1, DNA binding / TIG domain / LAG1, DNA binding / Beta-trefoil DNA-binding domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / : / Suppressor of hairless protein homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Kovall, R.A. / Hendrickson, W.A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the nuclear effector of Notch signaling, CSL, bound to DNA
著者: Kovall, R.A. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録2004年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*A)-3'
C: 5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*T)-3'
A: lin-12 And Glp-1 transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,49712
ポリマ－62,9393
非ポリマー5599
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.547, 127.547, 97.604
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*A)-3'


分子量: 4673.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence comes from a region within the mammalian HES-1 promoter
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*T)-3'


分子量: 4503.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence comes from a region within the mammalian HES-1 promoter
#3: タンパク質 lin-12 And Glp-1 transcriptional regulator / CLS


分子量: 53761.641 Da / 分子数: 1 / Fragment: conserved core (residues 192-663) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: lag-1 / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9TYY1, UniProt: V6CLJ5*PLUS
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.648 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: MES, ammonium sulfate, PEG 20K, ethylene glycol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MES11
2ammonium sulfate11
3PEG 20K11
4ethylene glycol11

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 31-ID10.9791, 0.9793, 0.9795, 0.9686
シンクロトロンNSLS X4A20.9792
検出器
タイプID検出器
MARRESEARCH1CCD
ADSC QUANTUM 42CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97931
30.97951
40.96861
50.97921
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 22264 / Num. obs: 22264 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 89.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.313 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.85→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1124715.02 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 2085 9.9 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.201 21051 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.2202 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 68.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.82 Å215.55 Å20 Å2
2--2.82 Å20 Å2
3----5.63 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3472 609 36 46 4163
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.07
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.761.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it8.482
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.832
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it11.492.5
LS精密化 シェル解像度: 2.85→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 364 10.3 %
Rwork0.316 3162 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3GLYCOL.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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