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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ttr | ||||||
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タイトル | TRANSTHYRETIN-V/122/I CARDIOMYOPATHIC MUTANT | ||||||
![]() | TRANSTHYRETIN | ||||||
![]() | TRANSPORT (THYROXINE) / ALBUMIN / RETINOL-BINDING / VITAMIN A | ||||||
機能・相同性 | ![]() Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Damas, A.M. / Lamzin, V.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the Val122Ile variant transthyretin - a cardiomyopathic mutant. 著者: Damas, A.M. / Ribeiro, S. / Lamzin, V.S. / Palha, J.A. / Saraiva, M.J. #1: ![]() タイトル: The X-Ray Crystal Structure Refinements of Normal Human Transthyretin and the Amyloidogenic Val-30-->met Variant to 1.7-A Resolution 著者: Hamilton, J.A. / Steinrauf, L.K. / Braden, B.C. / Liepnieks, J. / Benson, M.D. / Holmgren, G. / Sandgren, O. / Steen, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 59.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13791.387 Da / 分子数: 2 / 変異: V122I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: OTHER SOFTWARE USED TO DETERMINE STRUCTURE: ARP | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.3 / 詳細: pH 5.3 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年10月15日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→10 Å / Num. obs: 19566 / % possible obs: 96 % / Rmerge(I) obs: 0.072 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: WILD TYPE TRANSTHYRETIN 解像度: 1.9→10 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.18 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.158 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |