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万見
- PDB-1tt9: Structure of the bifunctional and Golgi associated formiminotrans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tt9
タイトルStructure of the bifunctional and Golgi associated formiminotransferase cyclodeaminase octamer
要素Formimidoyltransferase-cyclodeaminase (Formiminotransferase- cyclodeaminase) (FTCD) (58 kDa microtubule-binding protein)
キーワードTRANSFERASE / LYASE / hepatitis autoantigen / intermediate channeling / protein assembly / vimentin
機能・相同性
機能・相同性情報


Histidine catabolism / glutamate formimidoyltransferase / formimidoyltetrahydrofolate cyclodeaminase / glutamate formimidoyltransferase activity / formimidoyltetrahydrofolate cyclodeaminase activity / intermediate filament binding / smooth endoplasmic reticulum membrane / L-histidine catabolic process to glutamate and formamide / L-histidine catabolic process to glutamate and formate / folic acid binding ...Histidine catabolism / glutamate formimidoyltransferase / formimidoyltetrahydrofolate cyclodeaminase / glutamate formimidoyltransferase activity / formimidoyltetrahydrofolate cyclodeaminase activity / intermediate filament binding / smooth endoplasmic reticulum membrane / L-histidine catabolic process to glutamate and formamide / L-histidine catabolic process to glutamate and formate / folic acid binding / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / cytoskeleton organization / centriole / microtubule binding / Golgi membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Formiminotransferase catalytic domain / Formiminotransferase, N-terminal subdomain / Formiminotransferase, C-terminal subdomain / Formiminotransferase catalytic domain superfamily / Formiminotransferase, N-terminal subdomain superfamily / Formiminotransferase, C-terminal subdomain superfamily / : / Formiminotransferase domain / Formiminotransferase domain, N-terminal subdomain / Formiminotransferase domain ...Formiminotransferase catalytic domain / Formiminotransferase, N-terminal subdomain / Formiminotransferase, C-terminal subdomain / Formiminotransferase catalytic domain superfamily / Formiminotransferase, N-terminal subdomain superfamily / Formiminotransferase, C-terminal subdomain superfamily / : / Formiminotransferase domain / Formiminotransferase domain, N-terminal subdomain / Formiminotransferase domain / Formiminotransferase domain, N-terminal subdomain / Cyclodeaminase/cyclohydrolase / Formimidoyltransferase-cyclodeaminase-like superfamily / Formiminotransferase-cyclodeaminase
類似検索 - ドメイン・相同性
Formimidoyltransferase-cyclodeaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Mao, Y. / Vyas, N.K. / Vyas, M.N. / Chen, D.H. / Ludtke, S.J. / Chiu, W. / Quiocho, F.A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Structure of the bifunctional and Golgi-associated formiminotransferase cyclodeaminase octamer
著者: Mao, Y. / Vyas, N.K. / Vyas, M.N. / Chen, D.H. / Ludtke, S.J. / Chiu, W. / Quiocho, F.A.
履歴
登録2004年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase (Formiminotransferase- cyclodeaminase) (FTCD) (58 kDa microtubule-binding protein)
B: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase (Formiminotransferase- cyclodeaminase) (FTCD) (58 kDa microtubule-binding protein)
C: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase (Formiminotransferase- cyclodeaminase) (FTCD) (58 kDa microtubule-binding protein)
D: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase (Formiminotransferase- cyclodeaminase) (FTCD) (58 kDa microtubule-binding protein)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,4184
ポリマ－237,4184
非ポリマー00
水00
1
A: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase (Formiminotransferase- cyclodeaminase) (FTCD) (58 kDa microtubule-binding protein)
B: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase (Formiminotransferase- cyclodeaminase) (FTCD) (58 kDa microtubule-binding protein)

A: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase (Formiminotransferase- cyclodeaminase) (FTCD) (58 kDa microtubule-binding protein)
B: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase (Formiminotransferase- cyclodeaminase) (FTCD) (58 kDa microtubule-binding protein)

A: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase (Formiminotransferase- cyclodeaminase) (FTCD) (58 kDa microtubule-binding protein)
B: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase (Formiminotransferase- cyclodeaminase) (FTCD) (58 kDa microtubule-binding protein)

A: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase (Formiminotransferase- cyclodeaminase) (FTCD) (58 kDa microtubule-binding protein)
B: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase (Formiminotransferase- cyclodeaminase) (FTCD) (58 kDa microtubule-binding protein)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)474,8378
ポリマ－474,8378
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
2
C: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase (Formiminotransferase- cyclodeaminase) (FTCD) (58 kDa microtubule-binding protein)
D: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase (Formiminotransferase- cyclodeaminase) (FTCD) (58 kDa microtubule-binding protein)

C: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase (Formiminotransferase- cyclodeaminase) (FTCD) (58 kDa microtubule-binding protein)
D: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase (Formiminotransferase- cyclodeaminase) (FTCD) (58 kDa microtubule-binding protein)

C: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase (Formiminotransferase- cyclodeaminase) (FTCD) (58 kDa microtubule-binding protein)
D: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase (Formiminotransferase- cyclodeaminase) (FTCD) (58 kDa microtubule-binding protein)

C: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase (Formiminotransferase- cyclodeaminase) (FTCD) (58 kDa microtubule-binding protein)
D: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase (Formiminotransferase- cyclodeaminase) (FTCD) (58 kDa microtubule-binding protein)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)474,8378
ポリマ－474,8378
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)134.848, 134.848, 156.365
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4

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要素

#1: タンパク質
Formimidoyltransferase-cyclodeaminase (Formiminotransferase- cyclodeaminase) (FTCD) (58 kDa microtubule-binding protein) / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 59354.574 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ftcd / プラスミド: PET-21(b) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: O88618, glutamate formimidoyltransferase, formimidoyltetrahydrofolate cyclodeaminase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: PEG 600, sodium sulphate, HEPES, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9791, 0.9793, 0.9716
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月4日 / 詳細: Si 111 monochromator
放射モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97931
30.97161
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. all: 36461 / Num. obs: 31393 / % possible obs: 86.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 3.4→3.6 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 3775 / Rsym value: 0.249 / % possible all: 64.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.42→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 5784186.16 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: this structure contains only alpha carbons
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 1525 4.9 %RANDOM
Rwork0.251 ---
all0.262 33845 --
obs0.251 31393 86.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.69 Å20 Å20 Å2
2---14.69 Å20 Å2
3---29.38 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.76 Å0.84 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.42→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2160 0 0 0 2160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.15
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 185 4.7 %
Rwork0.337 3775 -
obs-3775 64.7 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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