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- PDB-1try: STRUCTURE OF INHIBITED TRYPSIN FROM FUSARIUM OXYSPORUM AT 1.55 AN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1try
タイトルSTRUCTURE OF INHIBITED TRYPSIN FROM FUSARIUM OXYSPORUM AT 1.55 ANGSTROMS
要素TRYPSIN
キーワードHYDROLASE (SERINE PROTEINASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / PHOSPHORYLISOPROPANE / Trypsin
類似検索 - 構成要素
生物種Fusarium oxysporum (菌類)
手法X線回折 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Rypniewski, W.R. / Dambmann, C. / Von Der Osten, C. / Dauter, M. / Wilson, K.S.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: Structure of inhibited trypsin from Fusarium oxysporum at 1.55 A.
著者: Rypniewski, W.R. / Dambmann, C. / von der Osten, C. / Dauter, M. / Wilson, K.S.
#1: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1994
タイトル: Evolutionary Divergence and Conservation of Trypsin
著者: Rypniewski, W.R. / Perrakis, A. / Vorgias, C.E. / Wilson, K.S.
#2: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1993
タイトル: The Sequence and X-Ray Structure of the Trypsin from Fusarium Oxysporum
著者: Rypniewski, W.R. / Hastrup, S. / Betzel, Ch. / Dauter, M. / Dauter, Z. / Papendorf, G. / Branner, S. / Wilson, K.S.
履歴
登録1994年3月7日処理サイト: BNL
改定 1.01996年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRYPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4013
ポリマ－22,2001
非ポリマー2002
水7,206400
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.300, 67.890, 39.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 TRYPSIN


分子量: 22200.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fusarium oxysporum (菌類) / 参照: UniProt: P35049, trypsin
#2: 化合物 ChemComp-ISP / PHOSPHORYLISOPROPANE / りん酸イソプロピル


分子量: 140.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O4P
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.37 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 36 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 5.5 / PH range high: 5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112.5 mg/mlprotein1drop
20.7 Mammonium sulfate1drop
350 mMcitrate1drop
41.4 Mammonium sulfate1reservoir
50.1 Msodium citrate1reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.55 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 23178 / % possible obs: 94.7 % / Num. measured all: 55012 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Biso Wilson estimate: 22.4 Å2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 69 %

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.55→10 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
obs0.144 23178
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1570 0 7 404 1981
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it2.133
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it2.864
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it3.864
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it5.325
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.0170.02
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d0.0390.04
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d0.0480.05
X-RAY DIFFRACTIONo_plane_restr0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONo_chiral_restr0.1710.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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