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万見
- PDB-1tqh: Covalent Reaction intermediate Revealed in Crystal Structure of t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tqh
タイトルCovalent Reaction intermediate Revealed in Crystal Structure of the Geobacillus stearothermophilus Carboxylesterase Est30
要素Carboxylesterase precursor
キーワードHYDROLASE / CARBOXYLESTERASE / TETRAHEDRAL INTERMEDIATE / ALPHA/BETA HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylesterase / carboxylesterase activity
類似検索 - 分子機能
Esterase/lipase / : / Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROPYL ACETATE / Carboxylesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Liu, P. / Wang, Y.F. / Ewis, H.E. / Abdelal, A.T. / Lu, C.D. / Harrison, R.W. / Weber, I.T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Covalent reaction intermediate revealed in crystal structure of the Geobacillus stearothermophilus carboxylesterase Est30.
著者: Liu, P. / Wang, Y.F. / Ewis, H.E. / Abdelal, A.T. / Lu, C.D. / Harrison, R.W. / Weber, I.T.
履歴
登録2004年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年4月30日Group: Data collection
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxylesterase precursor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7164
ポリマ－28,4211
非ポリマー2943
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.654, 58.205, 179.045
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Carboxylesterase precursor


分子量: 28421.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06174, carboxylesterase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-4PA / PROPYL ACETATE / 酢酸プロピル


分子量: 102.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: LITHIUM SULFATE, PEG400, DIOXANE, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1951
2951
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンAPS 22-ID10.99997
シンクロトロンAPS 22-ID20.97920, 0.97933, 0.971602, 0.987072
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2003年10月22日
MAR CCD 165 mm2CCD2003年3月6日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SISINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SIMADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.999971
20.97921
30.979331
40.9716021
50.9870721
反射解像度: 1.63→50 Å / Num. obs: 36452 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.155
反射 シェル解像度: 1.63→1.69 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.181 / Mean I/σ(I) obs: 14.3 / Num. unique all: 35555 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
ARP/wARPモデル構築
SHELXL-97精密化
MAR345データ収集
HKL-2000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.63→10 Å / Num. parameters: 19536 / Num. restraintsaints: 24598 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2279 1768 5 %RANDOM
Rwork0.1681 ---
all0.1714 35376 --
obs--96.7 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 9 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2115
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1959 0 17 153 2129
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0245
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.038
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.051
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.002
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.038
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.087

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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