PDB-1tq5: Crystal Structure of YhhW from Escherichia coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1tq5

タイトル

Crystal Structure of YhhW from Escherichia coli

要素

Protein yhhW

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / bicupin / pirin / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

quercetin 2,3-dioxygenase / quercetin 2,3-dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Adams, M. / Jia, Z. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural and biochemical analysis reveal pirins to possess quercetinase activity.
著者: Adams, M. / Jia, Z.

履歴

登録	2004年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1tq5.cif.gz	61.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1tq5.ent.gz	48.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1tq5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/1tq5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/1tq5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6uts-d 6ece-1 2ree-2 1oqc-2 1xa7-2 4ixf-d 4fb7-d 3gy0-d 3wt3-2 1rhp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: YHHW_ECOLI

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein yhhW

ヘテロ分子

28.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.769, 62.769, 98.053
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Protein yhhW 分子量: 27997.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: YHHW, B3439 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46852
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG 400, sodium acetate, cadmium chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.98027 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月12日
放射	モノクロメーター: 19BM at the SBC, APS / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98027 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→54.23 Å / Num. all: 21480 / Num. obs: 19955 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 1.763→1.809 Å / % possible all: 54.25

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
CNS		精密化
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.76→54.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 4.99 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2503	1074	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1972	-	-	-
obs	0.20449	19955	92.9 %	-
all	-	29187	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.752 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.212 Å²	1.916 Å²	0 Å²
2-	-	6.212 Å²	0 Å²
3-	-	-	-12.424 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→54.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1870	0	6	142	2018

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.038	0.021	1887
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.724	1.919	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.19	3	3814
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.329	5	230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.171	0.2	266
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	2143
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.012	0.02	395
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.254	0.2	407
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.278	0.2	2116
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.106	0.2	1281
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.272	0.2	183
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.145	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.357	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.343	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.357	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.998	1.5	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.422	2	1833
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.192	3	745
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.892	4.5	725
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.763→1.809 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.45	42
R_work	0.432	851

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	ion.param
X-RAY DIFFRACTION	3	acetate.param
X-RAY DIFFRACTION	4	water_rep.param

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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