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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1toc | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF SERINE PROTEINASE | ||||||
要素 |
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キーワード | COMPLEX (HYDROLASE/INHIBITOR) / VITAMIN K / ZYMOGEN / GAMMA-CARBOXYGLUTAMIC ACID / ACUTE PHASE / LIVER / HYDROLASE / SERINE PROTEASE KUNITZ-LIKE INHIBITOR / KRINGLE / COMPLEX (HYDROLASE-INHIBITOR) COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fibrinogen binding / thrombin / protein polymerization / positive regulation of blood coagulation / acute-phase response / platelet activation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / collagen-containing extracellular matrix / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding ...fibrinogen binding / thrombin / protein polymerization / positive regulation of blood coagulation / acute-phase response / platelet activation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / collagen-containing extracellular matrix / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) Ornithodoros moubata (ダニ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Van De Locht, A. / Huber, R. / Bode, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 1996 タイトル: The ornithodorin-thrombin crystal structure, a key to the TAP enigma? 著者: van de Locht, A. / Stubbs, M.T. / Bode, W. / Friedrich, T. / Bollschweiler, C. / Hoffken, W. / Huber, R. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1995 タイトル: Two Heads are Better Than One: Crystal Structure of the Insect Derived Double Domain Kazal Inhibitor Rhodniin in Complex with Thrombin 著者: Van De Locht, A. / Lamba, D. / Bauer, M. / Huber, R. / Friedrich, T. / Kroger, B. / Hoffken, W. / Bode, W. #2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1989 タイトル: The Refined 1.9 A Crystal Structure of Human Alpha-Thrombin: Interaction with D-Phe-Pro-Arg Chloromethylketone and Significance of the Tyr-Pro-Pro-Trp Insertion Segment 著者: Bode, W. / Mayr, I. / Baumann, U. / Huber, R. / Stone, S.R. / Hofsteenge, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1toc.cif.gz | 329.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1toc.ent.gz | 278.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1toc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/1toc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/1toc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5735.240 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 組織: PLASMA / プラスミド: PMD8A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00735, thrombin #2: タンパク質 | 分子量: 29772.422 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 組織: PLASMA / プラスミド: PMD8A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00735, thrombin #3: タンパク質 | 分子量: 12726.731 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ornithodoros moubata (ダニ) / プラスミド: PMD8A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56409 #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年1月13日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 94484 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.39 % / Rmerge(I) obs: 0.14 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 9999 Å |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 3.13 Å / % possible obs: 75.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.1→10 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |