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万見
- PDB-1toc: STRUCTURE OF SERINE PROTEINASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1toc
タイトルSTRUCTURE OF SERINE PROTEINASE
要素
  • (THROMBIN) x 2
  • ORNITHODORIN
キーワードCOMPLEX (HYDROLASE/INHIBITOR) / VITAMIN K / ZYMOGEN / GAMMA-CARBOXYGLUTAMIC ACID / ACUTE PHASE / LIVER / HYDROLASE / SERINE PROTEASE KUNITZ-LIKE INHIBITOR / KRINGLE / COMPLEX (HYDROLASE-INHIBITOR) COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


fibrinogen binding / thrombin / protein polymerization / positive regulation of blood coagulation / transport vesicle / acute-phase response / serine-type endopeptidase inhibitor activity / platelet activation / toxin activity / : ...fibrinogen binding / thrombin / protein polymerization / positive regulation of blood coagulation / transport vesicle / acute-phase response / serine-type endopeptidase inhibitor activity / platelet activation / toxin activity / : / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Kringle domain / Kringle ...Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Few Secondary Structures / Irregular / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Prothrombin / Ornithodorin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Ornithodoros moubata (ダニ)
手法X線回折 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Van De Locht, A. / Huber, R. / Bode, W.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1996
タイトル: The ornithodorin-thrombin crystal structure, a key to the TAP enigma?
著者: van de Locht, A. / Stubbs, M.T. / Bode, W. / Friedrich, T. / Bollschweiler, C. / Hoffken, W. / Huber, R.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1995
タイトル: Two Heads are Better Than One: Crystal Structure of the Insect Derived Double Domain Kazal Inhibitor Rhodniin in Complex with Thrombin
著者: Van De Locht, A. / Lamba, D. / Bauer, M. / Huber, R. / Friedrich, T. / Kroger, B. / Hoffken, W. / Bode, W.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1989
タイトル: The Refined 1.9 A Crystal Structure of Human Alpha-Thrombin: Interaction with D-Phe-Pro-Arg Chloromethylketone and Significance of the Tyr-Pro-Pro-Trp Insertion Segment
著者: Bode, W. / Mayr, I. / Baumann, U. / Huber, R. / Stone, S.R. / Hofsteenge, J.
履歴
登録1996年7月20日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THROMBIN
B: THROMBIN
R: ORNITHODORIN
C: THROMBIN
D: THROMBIN
S: ORNITHODORIN
E: THROMBIN
F: THROMBIN
T: ORNITHODORIN
G: THROMBIN
H: THROMBIN
U: ORNITHODORIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,93812
ポリマ－192,93812
非ポリマー00
水55831
1
A: THROMBIN
B: THROMBIN
R: ORNITHODORIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2343
ポリマ－48,2343
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5820 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area17960 Å2
手法PISA
2
C: THROMBIN
D: THROMBIN
S: ORNITHODORIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2343
ポリマ－48,2343
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5720 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18130 Å2
手法PISA
3
G: THROMBIN
H: THROMBIN
U: ORNITHODORIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2343
ポリマ－48,2343
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5760 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area17830 Å2
手法PISA
4
E: THROMBIN
F: THROMBIN
T: ORNITHODORIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2343
ポリマ－48,2343
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5820 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area17760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.300, 89.900, 101.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
THROMBIN


分子量: 5735.240 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 組織: PLASMA / プラスミド: PMD8A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00735, thrombin
#2: タンパク質
THROMBIN


分子量: 29772.422 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 組織: PLASMA / プラスミド: PMD8A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00735, thrombin
#3: タンパク質
ORNITHODORIN


分子量: 12726.731 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ornithodoros moubata (ダニ) / プラスミド: PMD8A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56409
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
125 %PEG40001reservoir
2160 mMammonium acetate1reservoir
380 mMsodium acetate1reservoir
4200 mMammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年1月13日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 94484 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.39 % / Rmerge(I) obs: 0.14
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 9999 Å
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 3.13 Å / % possible obs: 75.2 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
MOSFLMデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 3.1→10 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.23 -
obs0.23 30140
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12820 0 0 31 12851
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.66
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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