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- PDB-1toa: PERIPLASMIC ZINC BINDING PROTEIN TROA FROM TREPONEMA PALLIDUM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1toa
タイトルPERIPLASMIC ZINC BINDING PROTEIN TROA FROM TREPONEMA PALLIDUM
要素PROTEIN (PERIPLASMIC BINDING PROTEIN TROA)
キーワードBINDING PROTEIN / PERIPLASMIC BINDING PROTEIN / ZINC BINDING PROTEIN / ABC TRANSPORTER
機能・相同性
機能・相同性情報


zinc ion transport / periplasmic space / cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Adhesin B / Adhesion lipoprotein / : / Periplasmic solute binding protein, ZnuA-like / Zinc-uptake complex component A periplasmic / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc-binding protein TroA
類似検索 - 構成要素
生物種Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lee, Y.H. / Deka, R.K. / Norgard, M.V. / Radolf, J.D. / Hasemann, C.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Treponema pallidum TroA is a periplasmic zinc-binding protein with a helical backbone.
著者: Lee, Y.H. / Deka, R.K. / Norgard, M.V. / Radolf, J.D. / Hasemann, C.A.
履歴
登録1999年3月3日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (PERIPLASMIC BINDING PROTEIN TROA)
B: PROTEIN (PERIPLASMIC BINDING PROTEIN TROA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2476
ポリマ－68,9322
非ポリマー3154
水7,674426
1
A: PROTEIN (PERIPLASMIC BINDING PROTEIN TROA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6233
ポリマ－34,4661
非ポリマー1582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN (PERIPLASMIC BINDING PROTEIN TROA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6233
ポリマ－34,4661
非ポリマー1582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.200, 126.200, 74.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.457452, 0.889145, 0.012599), (0.889042, 0.457013, 0.027281), (0.018499, 0.023681, -0.999548)
ベクター: -0.5907, -0.6118, 71.1807)

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (PERIPLASMIC BINDING PROTEIN TROA) / TROMP-1


分子量: 34465.883 Da / 分子数: 2 / 断片: SOLUBLE FRACTION / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH ZINC
由来: (組換発現) Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ)
プラスミド: PPROEX1 / 細胞株 (発現宿主): DH5A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P96116
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細N-TERM 27 AAS OF PROTEIN DERIVE FROM EXPRESSION VECTOR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1HEPES11
2LICL11
3PEG 400011
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.1 MNa-HEPES1reservoir
21.0 M1reservoirLiCl
330 %PEG40001reservoiror PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1998年10月15日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 62551 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.66 % / Biso Wilson estimate: 22.59 Å2 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 38.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 3.37 % / Mean I/σ(I) obs: 4.25 / Rsym value: 0.28 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.043
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.28

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.0026 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 6102 10 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs-62551 99.889 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4276 0 14 426 4716
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.382
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.23
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.750
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.730
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.980
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.640
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 771 9.89 %
Rwork0.278 7026 -
obs--100 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: ENGH & HUBER / Topol file: ENGH & HUBER
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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