PDB-1to9: Crystal structure of THI-4 protein from Bacillus subtilis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1to9

タイトル

Crystal structure of THI-4 protein from Bacillus subtilis

要素

(THI-4 protein) x 2

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / TenA / Thiamine Biosynthesis / all-alpha / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

aminopyrimidine aminohydrolase / thiaminase activity / thiamine biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Rajan, S.S. / Shuvalova, L. / Yang, X. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of THI-4 protein from Bacillus subtilis
著者: Rajan, S.S. / Shuvalova, L. / Yang, X. / Hussar, C. / Collart, F. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2004年6月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2014年11月19日	Group: Non-polymer description
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE Residue 149 is oxidized in chain B.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1to9.cif.gz	108.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1to9.ent.gz	83.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1to9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1to9_validation.pdf.gz	464.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1to9_full_validation.pdf.gz	477.6 KB	表示
XML形式データ	1to9_validation.xml.gz	22 KB	表示
CIF形式データ	1to9_validation.cif.gz	28.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/1to9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/1to9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2qcx-d 3wl9-d 1tvh-2 4jfq-2 4rf4-d 5ni3-2 4j89-d 5nlm-2 2vrq-3 7a89-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC1217

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: THI-4 protein

B: THI-4 protein

ヘテロ分子

61.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: THI-4 protein

B: THI-4 protein

ヘテロ分子

A: THI-4 protein

B: THI-4 protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
123 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.380, 58.380, 296.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	THI-4 protein 分子量: 30519.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: TENA, BSU11650 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P25052
#2: タンパク質	THI-4 protein 分子量: 30551.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: TENA, BSU11650 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P25052
#3: 化合物	ChemComp-HMH / 4-AMINO-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYLPYRIMIDINE / 2-メチル-4-アミノピリミジン-5-メタノ-ル分子量: 139.155 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₉N₃O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.66 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 2M Hexanediol, 0.2M CaCl2, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	77	1
2	77	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	5ID-B	1	0.979
シンクロトロン	APS	5ID-B	2	0.979

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARRESEARCH	1	CCD	2003年10月1日
MARRESEARCH	2	CCD	2003年12月5日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111 CHANNEL	SAD	M	x-ray	1
2	Si 111 CHANNEL	SAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2		1

反射

解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 21219 / Num. obs: 21219 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.045 / R_sym value: 0.039

反射シェル

解像度: 2.4→2.45 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.117 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Num. unique all: 1239 / R_sym value: 0.089 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 7.675 / SU ML: 0.178 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.446 / ESU R Free: 0.272
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25689	1084	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21017	-	-	-
all	0.21237	21219	-	-
obs	0.21237	20042	99.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.918 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3701	0	20	29	3750

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	3849
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.012	0.02	3229
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.199	1.928	5210
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.689	3	7510
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.116	5	446
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	505
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4357
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	901
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.251	0.3	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.252	0.3	3918
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.094	0.5	2048
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.5	196
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.159	0.3	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.212	0.3	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.107	0.5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.389	1.5	2226
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.359	2	3550
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.544	3	1623
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.122	4.5	1660
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.306	82
R_work	0.233	1445
obs	-	1640

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -2.259 Å / Origin y: -13.3203 Å / Origin z: 16.0012 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0346 Å²	0.0687 Å²	-0.0166 Å²	-	0.1761 Å²	0.0173 Å²	-	-	0.092 Å²
L	0.3307 °²	0.0035 °²	0.092 °²	-	0.0726 °²	0.2568 °²	-	-	3.3502 °²
S	-0.0086 Å °	0.0674 Å °	0.0065 Å °	0.0689 Å °	-0.0238 Å °	0.0391 Å °	0.022 Å °	0.5539 Å °	0.0324 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 226	26 - 250
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	2 - 221	26 - 245

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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