PDB-1to4: Structure of the cytosolic Cu,Zn SOD from S. mansoni

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1to4

タイトル

Structure of the cytosolic Cu,Zn SOD from S. mansoni

要素

Superoxide dismutase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / beta-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / copper ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Cardoso, R.M.F. / Silva, C.H.T.P. / Ulian de Araujo, A.P. / Tanaka, T. / Tanaka, M. / Garratt, R.C.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Structure of the cytosolic Cu,Zn superoxide dismutase from Schistosoma mansoni.
著者: Cardoso, R.M. / Silva, C.H. / Ulian de Araujo, A.P. / Tanaka, T. / Tanaka, M. / Garratt, R.C.

履歴

登録	2004年6月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1to4.cif.gz	138.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1to4.ent.gz	113.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1to4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1to4_validation.pdf.gz	450.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1to4_full_validation.pdf.gz	455.3 KB	表示
XML形式データ	1to4_validation.xml.gz	32.5 KB	表示
CIF形式データ	1to4_validation.cif.gz	49.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/1to4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/1to4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1to5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1to5-1 1to5-2 6spa-3 1sxc-d 1q0e-d 1spd-d 1sxb-d 1sxn-d 3ecu-1 5vcw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Superoxide dismutase

B: Superoxide dismutase

C: Superoxide dismutase

D: Superoxide dismutase

ヘテロ分子

64.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Superoxide dismutase

B: Superoxide dismutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Superoxide dismutase

D: Superoxide dismutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.27, 95.08, 78.41
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.55, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The asymmetric unit contains two Cu,Zn SOD biological dimers

#1: タンパク質	Superoxide dismutase 分子量: 15974.660 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: SOD / プラスミド: pGEX-4T-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q01137, superoxide dismutase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 775 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 4.6 詳細: 30% PEG 4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 4.60

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.54
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→18 Å / Num. obs: 80845 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % / R_sym value: 0.051 / Net I/σ(I): 24.8
反射シェル	解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / R_sym value: 0.126 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.09	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 0.915 / SU ML: 0.035 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.171	4056	5 %	RANDOM
R_work	0.157	-	-	-
obs	0.158	80801	99.7 %	-
all	-	80801	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.01 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.77 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.23 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.071 Å	0.076 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4476	0	8	775	5259

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	4547
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.488	1.92	6129
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.854	5	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.431	24.898	196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	7.984	15	701
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.806	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	671
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3496
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	2198
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	553
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.062	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.205	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.104	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.005	1.5	3013
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.713	2	4757
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.565	3	1532
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.067	4.5	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.213	301
R_work	0.185	5622

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1113	0.029	-0.1056	0.4269	-0.1516	0.27	0.0099	0.0085	-0.0068	-0.0007	0.0003	0.0107	-0.0152	0.0001	-0.0101	0.0104	-0.0007	0.0002	0.0179	0.0025	0.0137	20.4402	10.572	0.0276
2	0.1024	0.0302	-0.1068	0.2546	0.1053	0.2491	-0.021	-0.0083	-0.0072	-0.0069	0.0025	-0.0015	0.0105	-0.0067	0.0185	0.0002	-0.0008	0.002	0.0265	0.0005	0.0201	13.7928	-10.6002	16.7471
3	0.0899	-0.089	-0.0478	0.5233	0.0224	0.2981	0.0021	0.0114	0.0008	0.0098	-0.0126	-0.0392	-0.0213	-0.0148	0.0105	0.0293	0.0055	-0.0021	0.0074	0.003	0.0067	9.7928	60.0453	37.7102
4	0.1068	0.1284	-0.0329	0.3982	-0.129	0.1311	0.0088	-0.0001	-0.0008	0.0358	-0.0048	0.0033	-0.0109	0.0044	-0.004	0.0373	0.0027	0.0023	0.0092	0.0014	0.003	7.7998	81.2442	55.6636

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 153	4 - 156
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 153	4 - 156
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 153	4 - 156
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 153	4 - 156

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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