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- PDB-1tnt: A NOVEL CLASS OF WINGED HELIX-TURN-HELIX PROTEIN: THE DNA-BINDING... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tnt
タイトルA NOVEL CLASS OF WINGED HELIX-TURN-HELIX PROTEIN: THE DNA-BINDING DOMAIN OF MU TRANSPOSASE
要素MU-TRANSPOSASE
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


合成酵素; リン酸エステル結合を形成 / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / double-stranded DNA endonuclease activity / latency-replication decision / transposase activity / DNA transposition / viral DNA genome replication / ligase activity / DNA integration / host cell cytoplasm ...合成酵素; リン酸エステル結合を形成 / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / double-stranded DNA endonuclease activity / latency-replication decision / transposase activity / DNA transposition / viral DNA genome replication / ligase activity / DNA integration / host cell cytoplasm / DNA replication / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage Mu, transposase / Mu DNA binding, I gamma subdomain / Bacteriophage Mu transposase / Mu DNA binding, I gamma subdomain / Mu-type HTH domain / Mu DNA-binding domain / Mu-type HTH domain profile. / Transposase, Mu, C-terminal / Transposase-like, Mu, C-terminal / Mu transposase, C-terminal ...Bacteriophage Mu, transposase / Mu DNA binding, I gamma subdomain / Bacteriophage Mu transposase / Mu DNA binding, I gamma subdomain / Mu-type HTH domain / Mu DNA-binding domain / Mu-type HTH domain profile. / Transposase, Mu, C-terminal / Transposase-like, Mu, C-terminal / Mu transposase, C-terminal / Putative DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterobacteria phage Mu (ファージ)
手法溶液NMR
データ登録者Clore, G.M. / Clubb, R.T. / Omichinski, J.G. / Gronenborn, A.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: A novel class of winged helix-turn-helix protein: the DNA-binding domain of Mu transposase.
著者: Clubb, R.T. / Omichinski, J.G. / Savilahti, H. / Mizuuchi, K. / Gronenborn, A.M. / Clore, G.M.
履歴
登録1994年10月10日処理サイト: BNL
改定 1.01995年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_keywords.text / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MU-TRANSPOSASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2691
ポリマ－8,2691
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)33 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 MU-TRANSPOSASE


分子量: 8268.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage Mu (ファージ)
属: Mu-like viruses / 参照: UniProt: P07636

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

精密化ソフトェア番号: 1
詳細: THE 3D SOLUTION STRUCTURE OF THE DNA BINDING DOMAIN OF MU TRANSPOSASE (MUA76, RESIDUES 1 - 76) WAS SOLVED BY MULTIDIMENSIONAL HETERONUCLEAR-EDITED NMR EXPERIMENTS AND IS BASED ON 1320 ...詳細: THE 3D SOLUTION STRUCTURE OF THE DNA BINDING DOMAIN OF MU TRANSPOSASE (MUA76, RESIDUES 1 - 76) WAS SOLVED BY MULTIDIMENSIONAL HETERONUCLEAR-EDITED NMR EXPERIMENTS AND IS BASED ON 1320 EXPERIMENTAL RESTRAINTS COMPRISING THE FOLLOWING: (A) 1192 APPROXIMATE INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS (308 SEQUENTIAL, 266 SHORT RANGE 1 , |I-J| <=5, 323 LONG RANGE |I-J|>5, AND 295 INTRARESIDUE (B) 18 DISTANCE RESTRAINTS FOR 9 BACKBONE HYDROGEN BONDS (C) 36 HN-CAH COUPLING CONSTANT RESTRAINTS (D) 74 TORSION ANGLE RESTRAINTS (40 PHI, 23 CHI1 AND 11 CHI2). A COMPLETE LIST OF EXPERIMENTAL RESTRAINTS HAVE BEEN DEPOSITED WITH THE BROOKHAVEN DATA BANK. THE STRUCTURES ARE CALCULATED USING THE HYBRID METRIC MATRIX DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING METHOD DESCRIBED BY: NILGES, M., CLORE, G.M. & GRONENBORN, A.M. (1988) FEBS LETT 229, 317 - 324 ALL STRUCTURAL STATISTICS ARE GIVEN IN REF. 1. PDB ENTRY 1TNS IS THE RESTRAINED MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE: (SA)R. THIS IS OBTAINED BY FIRST AVERAGING THE COORDINATES OF THE INDIVIDUAL 33 DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING (SA) STRUCTURES BEST FITTED TO RESIDUES 3 - 36 AND 45 - 65 AND SUBJECTING THE RESULTING COORDINATES TO RESTRAINED MINIMIZATION. THE LAST NUMBER COLUMN IN THIS SET OF COORDINATES (THE B-FACTOR COLUMN IN X-RAY STRUCTURES) GIVES THE AVERAGE RMS DIFFERENCE BETWEEN THE INDIVIDUAL SA STRUCTURES AND THE MEAN STRUCTURE. THE NUMBERS IN THE LAST COLUMN OF THE INDIVIDUAL STRUCTURES HAVE NO MEANING. RESIDUES 1 - 2, 66 - 76, AND 37 - 44 ARE DISORDERED IN SOLUTION. THIS ENTRY CONTAINS THE 33 INDIVIDUAL STRUCTURES.
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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