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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tnh | ||||||
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タイトル | PREDICTION OF NOVEL SERINE PROTEASE INHIBITORS | ||||||
要素 | TRYPSIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE/hydrolase inhibitor / HYDROLASE-hydrolase inhibitor complex / SERINE PROTEINASE / TRYPSIN / INHIBITOR - FLUOROBENZYLAMINE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cap snatching / virion component / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Kurinov, I. / Harrison, R.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994 タイトル: Prediction of new serine proteinase inhibitors. 著者: Kurinov, I.V. / Harrison, R.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tnh.cif.gz | 69.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tnh.ent.gz | 51.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tnh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1tnh_validation.pdf.gz | 377.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1tnh_full_validation.pdf.gz | 379.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1tnh_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1tnh_validation.cif.gz | 9.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/1tnh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/1tnh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24012.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-FBA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.54 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | % possible obs: 85.7 % / Observed criterion σ(I): 1 |
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反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. measured all: 65682 / Rmerge(I) obs: 0.055 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→7 Å / σ(F): 3 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.3 Å2 | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→7 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.168 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_bond_d / Dev ideal: 0.014 |