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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tmk | ||||||
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タイトル | YEAST THYMIDYLATE KINASE COMPLEXED WITH THYMIDINE MONOPHOSPHATE (DTMP) | ||||||
![]() | THYMIDYLATE KINASE | ||||||
![]() | PHOSPHOTRANSFERASE / TRANSFERASE (PHOSPHOTRANSFERASE) / KINASE / THYMIDINE ACTIVATION PATHWAY / ENZYME | ||||||
機能・相同性 | ![]() UMP/dUMP kinase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / dTTP biosynthetic process / phosphorylation / mitochondrion ...UMP/dUMP kinase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / dTTP biosynthetic process / phosphorylation / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Lavie, A. / Schlichting, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of thymidylate kinase reveals the cause behind the limiting step in AZT activation. 著者: Lavie, A. / Vetter, I.R. / Konrad, M. / Goody, R.S. / Reinstein, J. / Schlichting, I. #1: ![]() タイトル: The Bottleneck in Azt Activation 著者: Lavie, A. / Schlichting, I. / Vetter, I.R. / Konrad, M. / Reinstein, J. / Goody, R.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 100.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.9838, -0.1627, -0.0758), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24719.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CDC8 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 30% PEG 4000 100 MM HEPES PH 7.5 25 MM MGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年4月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→12.67 Å / Num. obs: 25398 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Rsym value: 0.065 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / Rsym value: 0.281 / % possible all: 65.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 51803 / Rmerge(I) obs: 0.065 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 65.4 % / Rmerge(I) obs: 0.281 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: SIR WITH NCS / 解像度: 2.1→10 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / Total num. of bins used: 20
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.2589 |