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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tlq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of protein ypjQ from Bacillus subtilis, Pfam DUF64 | ||||||
要素 | Hypothetical protein ypjQ | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / YPJQ / Bacillus subtilis / NYSGXRC / T1519 / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Kniewel, R. / Rajashankar, K.R. / Solorzano, V. / Lima, C.D. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of a Hypothetical Protein from Bacillus subtilis 著者: KNIEWEL, R. / RAJASHANKAR, K.R. / SOLORZANO, V. / LIMA, C.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tlq.cif.gz | 46.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tlq.ent.gz | 33.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tlq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1tlq_validation.pdf.gz | 427.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1tlq_full_validation.pdf.gz | 442 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1tlq_validation.xml.gz | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1tlq_validation.cif.gz | 13 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/1tlq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/1tlq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Crystal packing suggests that biological assembly is a tetramer. Other three parts can be generated with symmetry operations (Y,X, 1/3-Z), (1-Y,1-X,1/3-Z) and (1-X,1-Y,Z) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21565.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: YPJQ, BSU21830 / プラスミド: pETT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 DE3 / 参照: UniProt: P54173 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.22 % 解説: The number of reflections for the data collection 20050 includes Friedel pairs |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.75 詳細: 26% Peg 4k, 0.1M Tris, 0.8M Lithium Chloride, pH 8.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月27日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 20050 / Num. obs: 20050 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.15 % / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 31.75 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.45 / Num. unique all: 1998 / Rsym value: 0.456 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: Experimental electron density from Selenium SAD experiment. 解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 7.609 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.966 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.463 Å / Total num. of bins used: 20 /
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