PDB-1tkv: Solution Structure of T4 AsiA Dimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1tkv

タイトル

Solution Structure of T4 AsiA Dimer

要素

10 kDa anti-sigma factor

キーワード

TRANSCRIPTION / anti-sigma / homodimer

機能・相同性

Anti-sigma factor AsiA / Anti-Sigma Factor A / Anti-Sigma Factor A / Anti-Sigma Factor A superfamily / Anti-Sigma Factor A / regulation of DNA-templated transcription / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / 10 kDa anti-sigma factor

機能・相同性情報

生物種

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

溶液NMR / dynamical simulated annealing, restrained energy minimization

データ登録者

Lambert, L.J. / Schirf, V. / Demeler, B. / Cadene, M. / Werner, M.H.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2001
タイトル: Flipping a genetic switch by subunit exchange
著者: Lambert, L.J. / Schirf, V. / Demeler, B. / Cadene, M. / Werner, M.H.

履歴

登録	2004年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2004年6月22日	ID: 1KA3
改定 1.0	2004年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1tkv.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1tkv.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1tkv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/1tkv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/1tkv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2374 3sv8-d 2dbt-1 2i6g-1 1kk9-d 7d2c-d 6dad-2 4z05-2 3hbe-d 5j7j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 10 kDa anti-sigma factor

B: 10 kDa anti-sigma factor

21.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	23 / 100	structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	10 kDa anti-sigma factor / Audrey Stevens' inhibitor / 10 kDa RNA polymerase-associated protein 分子量: 10604.011 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: ASIA / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-SI / 参照: UniProt: P32267

#1: タンパク質

10 kDa anti-sigma factor / Audrey Stevens' inhibitor / 10 kDa RNA polymerase-associated protein

分子量: 10604.011 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: ASIA / プラスミド: pET-28b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-SI / 参照: UniProt: P32267

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY
1	3	1	NH residual dipolar couplings in Pf1 at 9 mg/ml

-
試料調製

詳細	内容: 10 mM sodium phosphate, 50 mM NaCl, 2 mM CHAPS, 50 mM sodium azide 溶媒系: 97% H2O, 3% D2O
試料状態	イオン強度: 50 mM NaCl / pH: 6.2 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DMX	Bruker	DMX	500	1
Bruker DMX	Bruker	DMX	600	2
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	800	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Xplor-NIH	2.9.3	Clore and Schweiters	精密化
NMRPipe	2.2	Delaglio	データ解析

精密化

手法: dynamical simulated annealing, restrained energy minimization
ソフトェア番号: 1
詳細: Initial folding from a fully extended template using NOEs, dihedral restraints and NH residual dipolar couplings. Iterative refinement with NOESY data.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 23

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)