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- PDB-1tk7: NMR structure of WW domains (WW3-4) from Suppressor of Deltex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tk7
タイトルNMR structure of WW domains (WW3-4) from Suppressor of Deltex
要素CG4244-PB
キーワードSIGNALING PROTEIN / WW domain / Notch
機能・相同性
機能・相同性情報


pupal development / RHOQ GTPase cycle / imaginal disc-derived leg joint morphogenesis / R8 cell development / imaginal disc-derived wing margin morphogenesis / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / wing disc dorsal/ventral pattern formation / Downregulation of ERBB4 signaling / RHOU GTPase cycle ...pupal development / RHOQ GTPase cycle / imaginal disc-derived leg joint morphogenesis / R8 cell development / imaginal disc-derived wing margin morphogenesis / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / wing disc dorsal/ventral pattern formation / Downregulation of ERBB4 signaling / RHOU GTPase cycle / imaginal disc-derived wing vein morphogenesis / Regulation of PTEN stability and activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / protein targeting to lysosome / lipid storage / HECT-type E3 ubiquitin transferase / Notch binding / negative regulation of hippo signaling / negative regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of endocytosis / negative regulation of smoothened signaling pathway / Notch signaling pathway / receptor internalization / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / regulation of protein localization / ubiquitin protein ligase activity / cell cortex / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #10 / E3 ubiquitin-protein ligase, SMURF1 type / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) ...Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #10 / E3 ubiquitin-protein ligase, SMURF1 type / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / C2 domain / C2 domain profile. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / Single Sheet / C2 domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase Su(dx)
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Fedoroff, O.Y. / Avis, J.M. / Golovanov, A.P. / Baron, M. / Townson, S.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: The structure and dynamics of tandem WW domains in a negative regulator of notch signaling, Suppressor of deltex
著者: Fedoroff, O.Y. / Townson, S.A. / Golovanov, A.P. / Baron, M. / Avis, J.M.
履歴
登録2004年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CG4244-PB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2801
ポリマ－10,2801
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)7 / 20structures with favorable non-bond energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 CG4244-PB


分子量: 10280.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Su(dx) / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BCl21 / 参照: UniProt: Q9Y0H4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1212D NOESY
131E-COSY
1412D TOCSY
151HSQC in liquid crystal media

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試料調製

詳細内容: 0.5 PBS, 50mM Arg/Glu / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 150 Na/KCl / pH: 7.1 / 圧: 1 atm / 温度: 288 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: ARIA / バージョン: 1.2 / 開発者: Nilges / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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