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万見
- PDB-1tk4: Crystal structure of russells viper phospholipase A2 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tk4
タイトルCrystal structure of russells viper phospholipase A2 in complex with a specifically designed tetrapeptide Ala-Ile-Arg-Ser at 1.1 A resolution
要素
  • Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
  • Tetrapeptide Ala-Ile-Arg-Ser
キーワードHYDROLASE / tetrapeptide / phospholipase A2
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Basic phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
類似検索 - 構成要素
生物種Daboia russellii pulchella (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Singh, N. / Bilgrami, S. / Somvanshi, R.K. / Sharma, S. / Dey, S. / Perbandt, M. / Betzel, C. / Kaur, P. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of russells viper phospholipase A2 with a specifically designed tetrapeptide Ala-Ile-Arg-Ser at 1.1 A resolution
著者: Singh, N. / Bilgrami, S. / Somvanshi, R.K. / Sharma, S. / Dey, S. / Perbandt, M. / Betzel, C. / Kaur, P. / Singh, T.P.
履歴
登録2004年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
B: Tetrapeptide Ala-Ile-Arg-Ser
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3645
ポリマ－14,0762
非ポリマー2883
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area7560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.512, 52.512, 48.088
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa / Phosphatidylcholine 2-acylhydrolase / DPLA2


分子量: 13629.767 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Daboia russellii pulchella (ヘビ) / Secretion: venom / 生物種: Daboia russellii / 株: pulchella / 参照: UniProt: P59071, phospholipase A2
#2: タンパク質・ペプチド Tetrapeptide Ala-Ile-Arg-Ser


分子量: 446.522 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: the peptide has been synthesized chemically
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 30% PEG , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.806 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月26日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.806 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→50 Å / Num. all: 52995 / Num. obs: 52995 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 10.4 Å2 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 1.1→1.12 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 2642 / Rsym value: 0.381 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1SKG

1skg


解像度: 1.1→37.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 0.373 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.031 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18532 529 1 %RANDOM
Rwork0.16826 ---
obs0.16844 52429 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.854 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→37.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数993 0 15 197 1205
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0211027
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02866
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5191.9971376
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77432047
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.835122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021093
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02204
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.4250.2271
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2410.21061
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.2534
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2122
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2380.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2250.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1740.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0081.5628
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6452995
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8083399
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7384.5381
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.93921027
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free2.5172199
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.40321008
LS精密化 シェル解像度: 1.101→1.129 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.214 48
Rwork0.195 3852

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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