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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tip | ||||||
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タイトル | THE BISPHOSPHATASE DOMAIN OF THE BIFUNCTIONAL RAT LIVER 6-PHOSPHOFRUCTO-2-KINASE/FRUCTOSE-2,6-BISPHOSPHATASE | ||||||
![]() | PHOSPHOENZYME INTERMEDIATE OF FRU-2,6-BISPHOSPHATASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / TRANSFERASE / KINASE / ATP-BINDING / PHOSPHORYLATION / ALTERNATIVE SPLICING / MULTIGENE FAMILY | ||||||
機能・相同性 | ![]() 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-biphosphatase complex / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / 6-phosphofructo-2-kinase / 6-phosphofructo-2-kinase activity / fructose 2,6-bisphosphate metabolic process / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase activity / fructose-6-phosphate binding / carbohydrate phosphorylation / fructose metabolic process ...6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-biphosphatase complex / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / 6-phosphofructo-2-kinase / 6-phosphofructo-2-kinase activity / fructose 2,6-bisphosphate metabolic process / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase activity / fructose-6-phosphate binding / carbohydrate phosphorylation / fructose metabolic process / response to glucagon / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / response to starvation / animal organ regeneration / response to glucocorticoid / response to cAMP / response to insulin / kinase binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, Y.-H. / Olson, T.W. / Ogata, C.M. / Levitt, D.G. / Banaszak, L.J. / Lange, A.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a trapped phosphoenzyme during a catalytic reaction. 著者: Lee, Y.H. / Olson, T.W. / Ogata, C.M. / Levitt, D.G. / Banaszak, L.J. / Lange, A.J. #1: ![]() タイトル: 6-Phosphofructo-2-Kinase/Fructose-2,6-Bisphosphatase: A Metabolic Signaling Enzyme 著者: Pilkis, S.J. / Claus, T.H. / Kurland, I.J. / Lange, A.J. #2: ![]() タイトル: Preliminary X-Ray Analysis of a Truncated Form of Recombinant Fructose-2,6-Bisphosphatase 著者: Lee, Y.H. / Lin, K. / Okar, D. / Alfano, N.L. / Sarma, R. / Pflugrath, J.W. / Pilkis, S.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 92.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 479.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 486.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999546, -0.029783, -0.004615), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22258.334 Da / 分子数: 2 / 変異: 30 C-TERMINAL AMINO ACIDS DELETED / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子 (発現宿主): A CODING REGION WHICH COVERS FRUCTOSE-2,6-BISPHOSPHATASE DOMAIN (RESIDUES 251 - 440) OF THE RAT LIVER 6-PF-2-K/FRU-2,6-P2ASE (RESIDUES 1 - 470) 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P07953, fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase #2: 糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | A COMPETITIVE INHIBITOR, PHOSPHATE, WAS USED FOR THE CRYSTALLIZATION BUFFER. THE PRESENCE OF PI IN ...A COMPETITIV | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NUMBER OF CRYSTALS 1. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 詳細: A CATALYTIC PHOSPHOSENZYME INTERMEDIATE STATE OF THE BISPHOSPHATASE WAS PREPARED BY SOAKING OF THE NATIVE CRYSTAL OF THE PROTEIN AND TRAPPED USING THE CRYOGENIC DEVICE. A 2.2 ANGSTROM ...詳細: A CATALYTIC PHOSPHOSENZYME INTERMEDIATE STATE OF THE BISPHOSPHATASE WAS PREPARED BY SOAKING OF THE NATIVE CRYSTAL OF THE PROTEIN AND TRAPPED USING THE CRYOGENIC DEVICE. A 2.2 ANGSTROM RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE INTERMEDIATE WAS DETERMINED. A PHOSPHORYLATED CATALYTIC HISTIDINE WAS VISUALIZED ALONG WITH THE FIRST PRODUCT, FRUCTOSE-6 - PHOSPHATE, AND THE CATALYTIC WATER, SHOWING THE COMPREHENSIVE GEOMETRY OF A TRIGONAL BI-PYRAMIDAL STRUCTURE. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Lee, Y.H., (1996) Biochemistry, 35, 6010. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月5日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.02 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 20142 / % possible obs: 78.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.052 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.033 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→20 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.94 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 27.942 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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