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- PDB-1tii: ESCHERICHIA COLI HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE IIB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tii
タイトルESCHERICHIA COLI HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE IIB
要素(HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE IIB) x 3
キーワードENTEROTOXIN / ADP-RIBOSYL TRANSFERASE / ADP-RIBOSYLATION / GANGLIOSIDE RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


perturbation of signal transduction in another organism / : / host cell membrane / toxin activity / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #50 / Type II heat-labile enterotoxin, B subunit / Type II heat-labile enterotoxin, B subunit superfamily / Type II heat-labile enterotoxin , B subunit (LT-IIB) / Heat-labile enterotoxin, A chain / Heat-labile enterotoxin alpha chain / Heat-Labile Enterotoxin; Chain A / Heat-Labile Enterotoxin, subunit A / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #50 / Type II heat-labile enterotoxin, B subunit / Type II heat-labile enterotoxin, B subunit superfamily / Type II heat-labile enterotoxin , B subunit (LT-IIB) / Heat-labile enterotoxin, A chain / Heat-labile enterotoxin alpha chain / Heat-Labile Enterotoxin; Chain A / Heat-Labile Enterotoxin, subunit A / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat-labile enterotoxin IIB, A chain / Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換, FIVE-FOLD AVERAGING, HOMOLOGY MODEL / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Van Den Akker, F. / Hol, W.G.J.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of a new heat-labile enterotoxin, LT-IIb.
著者: van den Akker, F. / Sarfaty, S. / Twiddy, E.M. / Connell, T.D. / Holmes, R.K. / Hol, W.G.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of a Cholera Toxin-Related Heat-Labile Enterotoxin from E. Coli
著者: Sixma, T.K. / Pronk, S.E. / Kalk, K.H. / Wartna, E.S. / Van Zanten, B.A. / Witholt, B. / Hol, W.G.
#2: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1989
タイトル: Cloning, Nucleotide Sequence, and Hybridization Studies of the Type Iib Heat-Labile Enterotoxin Gene of Escherichia Coli
著者: Pickett, C.L. / Twiddy, E.M. / Coker, C. / Holmes, R.K.
履歴
登録1996年3月20日処理サイト: BNL
改定 1.01996年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE IIB
E: HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE IIB
F: HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE IIB
G: HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE IIB
H: HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE IIB
A: HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE IIB
C: HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE IIB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,1347
ポリマ－81,1347
非ポリマー00
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16670 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area26420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.700, 105.700, 171.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質
HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE IIB / LT-IIB


分子量: 10778.190 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LATENT/INACTIVE FORM / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: HB101 / プラスミド: BLUESCRIPT-KS VECTOR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43529
#2: タンパク質 HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE IIB / LT-IIB


分子量: 21334.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LATENT/INACTIVE FORM / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: HB101 / プラスミド: BLUESCRIPT-KS VECTOR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43528
#3: タンパク質 HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE IIB / LT-IIB


分子量: 5908.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LATENT/INACTIVE FORM / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: HB101 / プラスミド: BLUESCRIPT-KS VECTOR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43528
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS ONE AB5 TOXIN HEXAMER. THE A SUBUNIT CONTAINS TWO FRAGMENTS LINKED BY ...THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS ONE AB5 TOXIN HEXAMER. THE A SUBUNIT CONTAINS TWO FRAGMENTS LINKED BY A DISORDERED LOOP. THESE TWO FRAGMENTS ARE CONVENTIONALLY REFERRED TO AS A1 AND A2, WHICH ARE LABELED AS CHAINS A AND C IN THIS COORDINATE SET. FRAGMENT A1 AND A2 ARE COVALENTLY LINKED IN THE LATENT TOXIN AND ARE PROTEOLYTICALLY CLEAVED UPON ACTIVATION. THE FIVE IDENTICAL B SUBUNITS ARE LABELED AS CHAINS D, E, F, G, AND H. SUBUNIT CHAIN PROTEIN SEQUENCE A1 A 1 - 46, 48- 187 A2 C 195 - 230 B#1 D 1 - 98 B#2 E 1 - 98 B#3 F 1 - 98 B#4 G 1 - 98 B#5 H 1 - 98 WATER 1 - 215

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: SITTING DROP VAPOR DIFFUSION RESERVOIR CONTAINS: 2.0M NACL,0.2M LI2SO4, 0.2M NA-ACETATE PH 4.7 AT 4 DEGREES CELSIUS, vapor diffusion - sitting drop, temperature 277K
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12.0 M1reservoirNaCl
20.2 M1reservoirLi2SO4
30.2 Msodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年3月20日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→100 Å / Num. obs: 44164 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / Rmerge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / % possible all: 68

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換, FIVE-FOLD AVERAGING, HOMOLOGY MODEL
解像度: 2.25→10 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 -5 %
Rwork0.191 --
obs0.191 43325 82.4 %
原子変位パラメータBiso mean: 30.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3633 Å20.8394 Å20 Å2
2--2.3633 Å20 Å2
3----4.7265 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5469 0 0 215 5684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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