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万見
- PDB-1thu: THE STRUCTURES OF THREE CRYSTAL FORMS OF THE SWEET PROTEIN THAUMATIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1thu
タイトルTHE STRUCTURES OF THREE CRYSTAL FORMS OF THE SWEET PROTEIN THAUMATIN
要素THAUMATIN ISOFORM B
キーワードSWEET TASTING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic vesicle
類似検索 - 分子機能
Thaumatin / Thaumatin / Thaumatin, conserved site / Thaumatin family signature. / Thaumatin family / Thaumatin family / Thaumatin family profile. / Thaumatin family / Osmotin/thaumatin-like superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thaumatococcus daniellii (植物)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ko, T.-P. / Day, J. / Greenwood, A. / McPherson, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994
タイトル: Structures of three crystal forms of the sweet protein thaumatin.
著者: Ko, T.P. / Day, J. / Greenwood, A. / McPherson, A.
履歴
登録1994年6月10日処理サイト: BNL
改定 1.01994年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THAUMATIN ISOFORM B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2431
ポリマ－22,2431
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.700, 44.900, 38.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 84

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要素

#1: タンパク質 THAUMATIN ISOFORM B


分子量: 22243.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
Has protein modificationY
配列の詳細CROSS REFERENCE TO SEQUENCE DATABASE SWISS-PROT ENTRY NAME PDB ENTRY CHAIN NAME THM1_THADA SEQUENCE ...CROSS REFERENCE TO SEQUENCE DATABASE SWISS-PROT ENTRY NAME PDB ENTRY CHAIN NAME THM1_THADA SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: THM1_THADA SWISS-PROT RESIDUE PDB SEQRES NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE ASN 56 LYS 56 ASN 113 ASP 113

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.34 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
一般名: PEG3350

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.61 Å / Num. obs: 8350 / % possible obs: 70.8 % / Num. measured all: 27736 / Rmerge(I) obs: 0.1062
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.61 Å / 最低解像度: 2.81 Å / % possible obs: 38.1 % / Num. unique obs: 892 / Num. measured obs: 1854 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 4.84

-
解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.6→8 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数
obs0.184 4622
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1552 0 0 0 1552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.95
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.184
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 17.76 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d21.81
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.02
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_restr0
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.954

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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