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万見
- PDB-1th8: Crystal Structures of the ADP and ATP bound forms of the Bacillus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1th8
タイトルCrystal Structures of the ADP and ATP bound forms of the Bacillus Anti-sigma factor SpoIIAB in complex with the Anti-anti-sigma SpoIIAA: inhibitory complex with ADP, crystal form II
要素
  • Anti-sigma F factor
  • Anti-sigma F factor antagonist
キーワードTRANSCRIPTION / SpoIIAB / SpoIIAA / anti-sigma / anti-anti-sigma / sporulation / serine kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


asexual sporulation / negative regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / anti-sigma factor antagonist activity / antisigma factor binding / sigma factor antagonist activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Anti-sigma F factor / : / Anti-sigma F factor antagonist / Histidine kinase-like ATPase domain / Anti-sigma factor antagonist / STAS domain / Transcription Regulator spoIIAA / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain ...Anti-sigma F factor / : / Anti-sigma F factor antagonist / Histidine kinase-like ATPase domain / Anti-sigma factor antagonist / STAS domain / Transcription Regulator spoIIAA / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Anti-sigma F factor antagonist / Anti-sigma F factor
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Masuda, S. / Murakami, K.S. / Wang, S. / Olson, C.A. / Donigian, J. / Leon, F. / Darst, S.A. / Campbell, E.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structures of the ADP and ATP Bound Forms of the Bacillus Anti-sigma Factor SpoIIAB in Complex with the Anti-anti-sigma SpoIIAA.
著者: Masuda, S. / Murakami, K.S. / Wang, S. / Olson, C.A. / Donigian, J. / Leon, F. / Darst, S.A. / Campbell, E.A.
履歴
登録2004年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE THE DISCREPANCIES IN BOTH CHAINS ARE DUE TO STRAIN VARIATION.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-sigma F factor
B: Anti-sigma F factor antagonist
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5344
ポリマ－29,0822
非ポリマー4522
水1,36976
1
A: Anti-sigma F factor
B: Anti-sigma F factor antagonist
ヘテロ分子

A: Anti-sigma F factor
B: Anti-sigma F factor antagonist
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0678
ポリマ－58,1644
非ポリマー9034
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation18_654-x+4/3,-x+y+2/3,-z-1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)153.646, 153.646, 97.517
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
詳細The second part of the biological assembly is generated from the submitted coordinates by applying the rotation/translation matrix below, given in O format: x' = -0.5x - 0.866y + 0z + 153.6532 y' = -0.866x + 0.5y + 0z + 88.708 z' = 0x + 0y - 1z -32.5022

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要素

#1: タンパク質 Anti-sigma F factor / Stage II sporulation protein AB


分子量: 16266.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: SPOIIAB / プラスミド: pET21A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32727, EC: 2.7.1.37
#2: タンパク質 Anti-sigma F factor antagonist / Stage II sporulation protein AA


分子量: 12815.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: SPOIIAA / プラスミド: pET21A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O32726
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.72 %
結晶化温度: 295.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Sodium Malonate, HEPES, Jeffamine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.5K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 19662 / Num. obs: 19426 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 1950 / Rsym value: 0.433 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry ID 1L0O, pdb entry ID 1H4Y

1l0o

1h4y


解像度: 2.4→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 971 -RANDOM
Rwork0.214 ---
obs-17382 98.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1911 0 28 76 2015
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006318
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.19885

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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