ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
---|
DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | CNS | 1.1 | 精密化 | MOLREP | | 位相決定 |
|
---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1I4K 解像度: 1.68→35.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2411083.3 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
---|
Rfree | 0.239 | 6658 | 5 % | RANDOM |
---|
Rwork | 0.217 | - | - | - |
---|
all | 0.228 | 132219 | - | - |
---|
obs | 0.228 | 132219 | 98.7 % | - |
---|
|
---|
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.9717 Å2 / ksol: 0.374549 e/Å3 |
---|
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.4 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
---|
1- | 2.44 Å2 | 0 Å2 | -2.6 Å2 |
---|
2- | - | -2.18 Å2 | 0 Å2 |
---|
3- | - | - | -0.26 Å2 |
---|
|
---|
Refine analyze | | Free | Obs |
---|
Luzzati coordinate error | 0.23 Å | 0.21 Å |
---|
Luzzati d res low | - | 5 Å |
---|
Luzzati sigma a | 0.09 Å | 0.07 Å |
---|
|
---|
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.68→35.28 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
---|
原子数 | 8302 | 0 | 0 | 474 | 8776 |
---|
|
---|
拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
---|
X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.004 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.3 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d24.1 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.73 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.32 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.08 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.36 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.66 | 2.5 | | | | | | | | |
|
---|
LS精密化 シェル | 解像度: 1.68→1.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
---|
Rfree | 0.259 | 1058 | 4.9 % |
---|
Rwork | 0.242 | 20547 | - |
---|
obs | - | 20547 | 97.4 % |
---|
|
---|
Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
---|
X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER.TOP | | | |
|
---|