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万見
- PDB-1tgc: ON THE DISORDERED ACTIVATION DOMAIN IN TRYPSINOGEN. CHEMICAL LABE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tgc
タイトルON THE DISORDERED ACTIVATION DOMAIN IN TRYPSINOGEN. CHEMICAL LABELLING AND LOW-TEMPERATURE CRYSTALLOGRAPHY
要素TRYPSINOGEN
キーワードHYDROLASE ZYMOGEN (SERINE PROTEINASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Walter, J. / Steigemann, W. / Singh, T.P. / Bartunik, H. / Bode, W. / Huber, R.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1982
タイトル: On the Disordered Activation Domain in Trypsinogen. Chemical Labelling and Low-Temperature Crystallography
著者: Walter, J. / Steigemann, W. / Singh, T.P. / Bartunik, H. / Bode, W. / Huber, R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1983
タイトル: The Geometry of the Reactive Site and of the Peptide Groups in Trypsin, Trypsinogen and its Complexes with Inhibitors
著者: Marquart, M. / Walter, J. / Deisenhofer, J. / Bode, W. / Huber, R.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1980
タイトル: Low-Temperature Protein Crystallography. Effect on Flexibility, Temperature Factor, Mosaic Spread, Extinction, and Diffuse Scattering in Two Examples. Bovine Trypsinogen and Fc Fragment
著者: Singh, T.P. / Bode, W. / Huber, R.
#3: ジャーナル: Acc.Chem.Res. / 年: 1978
タイトル: Structural Basis of the Activation and Action of Trypsin
著者: Huber, R. / Bode, W.
#4: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1978
タイトル: Crystal Structure Analysis and Refinement of Two Variants of Trigonal Trypsinogen
著者: Bode, W. / Huber, R.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1977
タイトル: Crystal Structure of Bovine Trypsinogen at 1.8 Angstroms Resolution. II. Crystallographic Refinement, Refined Crystal Structure and Comparison with Bovine Trypsin
著者: Fehlhammer, H. / Bode, W. / Huber, R.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976
タイトル: Crystal Structure of Bovine Trypsinogen at 1.8 Angstroms Resolution. I. Data Collection, Application of Patterson Search Techniques and Preliminary Structural Interpretation
著者: Bode, W. / Fehlhammer, H. / Huber, R.
履歴
登録1981年10月26日処理サイト: BNL
改定 1.01982年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRYPSINOGEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0532
ポリマ－24,0131
非ポリマー401
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.110, 55.110, 109.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Atom site foot note1: SEE REMARKS 4 AND 6.

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要素

#1: タンパク質 TRYPSINOGEN


分子量: 24012.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE 229 AMINO ACIDS OF TRYPSINOGEN ARE IDENTIFIED BY THE RESIDUE NUMBERS OF THE HOMOLOGOUS CHYMOTRYPSINOGEN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.38 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mg/mlprotein1drop
31.5 M1dropMgSO4
41.5 M1reservoirMgSO4
2pancreatic trypsin inhibitor1dropat a molar ratio of 4-1

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 12067 / % possible obs: 65.2 % / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2

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解析

精密化最高解像度: 1.8 Å
詳細: THERE ARE FOUR *FLEXIBLE* SEGMENTS FOR WHICH THERE IS NO SIGNIFICANT ELECTRON DENSITY IN THE MAP. THESE ARE 1. THREE CLOSELY INTERDIGITATING CHAIN SEGMENTS FORMING THE ACTIVATION DOMAIN GLY ...詳細: THERE ARE FOUR *FLEXIBLE* SEGMENTS FOR WHICH THERE IS NO SIGNIFICANT ELECTRON DENSITY IN THE MAP. THESE ARE 1. THREE CLOSELY INTERDIGITATING CHAIN SEGMENTS FORMING THE ACTIVATION DOMAIN GLY 142 - PRO 152 GLY 184A - GLY 193 GLY 216 - ASN 223 2. THE N-TERMINUS FROM VAL 10 THROUGH GLY 18 (THIS DATA ENTRY CONTAINS NO COORDINATES FOR VAL 10 THROUGH LYS 15)
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1629 0 1 93 1723
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 6.5 Å / Rfactor obs: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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