[日本語] English
万見
- PDB-1tfr: RNASE H FROM BACTERIOPHAGE T4 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tfr
タイトルRNASE H FROM BACTERIOPHAGE T4
要素T4 RNASE H
キーワードHYDROLASE / 5U-3U EXONUCLEASE / RNA:RNA / DNA:DNA / METAL-DEPENDENT / MAGNESIUM-CONTAINING / HYDROLASE (NUCLEIC ACID)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication, Okazaki fragment processing / 5'-3' RNA exonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
T4 RNase H, C-terminal / T4 RNase H, C terminal / Flap endonuclease / 5'-nuclease / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs ...T4 RNase H, C-terminal / T4 RNase H, C terminal / Flap endonuclease / 5'-nuclease / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / PIN-like domain superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Mueser, T.C. / Nossal, N.G. / Hyde, C.C.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996
タイトル: Structure of bacteriophage T4 RNase H, a 5' to 3' RNA-DNA and DNA-DNA exonuclease with sequence similarity to the RAD2 family of eukaryotic proteins.
著者: Mueser, T.C. / Nossal, N.G. / Hyde, C.C.
#1: ジャーナル: Methods Enzymol. / 年: 1995
タイトル: Purification of Bacteriophage T4 DNA Replication Proteins
著者: Nossal, N.G. / Hinton, D.M. / Hobbs, L.J. / Spacciapoli, P.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1991
タイトル: Bacteriophage T4 Encodes an Rnase H which Removes RNA Primers Made by the T4 Replication System in Vitro
著者: Hollingsworth, H.C. / Nossal, N.G.
#3: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1989
タイトル: Organization of the Bacteriophage T4 Genome between Map Positions 150.745 And 145.824
著者: Hahn, S. / Ruger, W.
#4: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1986
タイトル: The Region of Phage T4 Genes 34, 33 and 59: Primary Structures and Organization on the Genome
著者: Hahn, S. / Kruse, U. / Ruger, W.
履歴
登録1996年4月27日処理サイト: BNL
改定 1.01996年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: T4 RNASE H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6603
ポリマ－35,6111
非ポリマー492
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.470, 87.580, 54.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 T4 RNASE H / T4 5U TO 3U EXONUCLEASE


分子量: 35610.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: TWO OCTAHEDRALLY-COORDINATED MG2+ IONS IN ACTIVE SITE
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 株: T4D / 遺伝子 (発現宿主): T4RNH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13319, ribonuclease H
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 OD280/mlprotein1drop
250 mM1dropNH4Cl
3300 mMmagnesium acetate1reservoir
4100 mMsodium cacodylate1reservoir
518 %PEG80001reservoir

-
データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月18日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→6 Å / Num. obs: 22706 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.58 % / Rmerge(I) obs: 0.05
反射
*PLUS
Num. measured all: 58561

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PROLSQ精密化
PROCESSデータ削減
精密化解像度: 2.06→6 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 -10 %
Rwork0.205 --
obs-19591 90.29 %
原子変位パラメータBiso mean: 31.98 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2506 0 2 179 2687
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.010.01
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0320.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0330.025
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.9812
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it4.273
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it5.1923
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it6.9395
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.010.01
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0710.05
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1770.2
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.190.2
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1970.2
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor19.715
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor31.420
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor22
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.205
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る