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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tew | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF HEXAGONAL TURKEY EGG WHITE LYSOZYME AT 1.65 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
![]() | TURKEY EGG WHITE LYSOZYME | ||||||
![]() | HYDROLASE(O-GLYCOSYL) | ||||||
機能・相同性 | ![]() glycosaminoglycan binding / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Howell, P.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of hexagonal turkey egg-white lysozyme at 1.65A resolution. 著者: Howell, P.L. #1: ![]() タイトル: X-Ray Structure of Monoclinic Turkey Egg White Lysozyme at 1.3 Angstroms Resolution 著者: Harata, K. #2: ![]() タイトル: Structure Determination of Turkey Egg White Lysozyme Using Laue Diffraction Data 著者: Howell, P.L. / Almo, S.C. / Parsons, M.R. / Hajdu, J. / Petsko, G.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 37.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 25.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 421.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 422.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14228.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P00703, lysozyme |
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#2: 化合物 | ChemComp-SCN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.98 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 4.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | Num. obs: 15265 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 |
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反射 | *PLUS 最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. measured all: 27701 / Rmerge(I) obs: 0.053 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 1.7 Å / % possible obs: 80 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.65→8 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.206 / Rfactor Rwork: 0.206 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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