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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1teh | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF HUMAN LIVER CHICHI ALCOHOL DEHYDROGENASE (A GLUTATHIONE-DEPENDENT FORMALDEHYDE DEHYDROGENASE) | ||||||
![]() | HUMAN CHICHI ALCOHOL DEHYDROGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / NAD+ DEPENDENT ALCOHOL DEHYDROGENASE GLUTATHIONE DEPENDENT FORMALDEHYDE DEHYDROGENASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() formaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NADP+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NAD+) activity / fatty acid omega-oxidation / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase [NAD(P)+] activity / formaldehyde catabolic process / response to nitrosative stress / Ethanol oxidation / respiratory system process ...formaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NADP+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NAD+) activity / fatty acid omega-oxidation / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase [NAD(P)+] activity / formaldehyde catabolic process / response to nitrosative stress / Ethanol oxidation / respiratory system process / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, zinc-dependent / : / positive regulation of blood pressure / alcohol dehydrogenase / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / response to redox state / retinoid metabolic process / fatty acid binding / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / mitochondrion / zinc ion binding / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yang, Z.-N. / Hurley, T.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of human chi chi alcohol dehydrogenase: a glutathione-dependent formaldehyde dehydrogenase. 著者: Yang, Z.N. / Bosron, W.F. / Hurley, T.D. #1: ![]() タイトル: Structures of Three Human Beta Alcohol Dehydrogenase Variants. Correlations with Their Functional Differences 著者: Hurley, T.D. / Bosron, W.F. / Stone, C.L. / Amzel, L.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 151.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 119.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 991.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1015.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.6038, 0.0032, -0.7971), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39641.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: THE STRUCTURE FOR HOMODIMERIC CHI ALCOHOL DEHYDROGENASE WAS SOLVED WITH ONE NAD+ PER SUBUNIT 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 詳細: 15 MG/ML ENZYME IN 280 MM MES, PH 6.7, 2 MM NAD+, 8.0 % PEG8000 AT 295 K, SITTING-DROP METHOD. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年3月22日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→60.7 Å / Num. obs: 24896 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 7.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 67 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 97001 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 67 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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