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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tdi | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of hGSTA3-3 in Complex with Glutathione | ||||||
![]() | Glutathione S-transferase A3-3 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / GST / hGSTA3-3 / steroid isomerase | ||||||
機能・相同性 | ![]() Glutathione conjugation / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / glutathione transferase / glutathione transferase activity / xenobiotic metabolic process / glutathione metabolic process / lipid metabolic process / extracellular exosome / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gu, Y. / Guo, J. / Pal, A. / Pan, S.S. / Zimniak, P. / Singh, S.V. / Ji, X. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of human glutathione S-transferase A3-3 and mechanistic implications for its high steroid isomerase activity. 著者: Gu, Y. / Guo, J. / Pal, A. / Pan, S.S. / Zimniak, P. / Singh, S.V. / Ji, X. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 106.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 987.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 996.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1guhS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25338.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.8 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: PEG 6000, Na-HEPES, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 288K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAC Science DIP-2020 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年12月12日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRRORS SYSTEM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 78184 / Num. obs: 74040 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.38 % / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 9.12 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.28 % / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 2.94 / Num. unique all: 7051 / % possible all: 9.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1GUH 解像度: 2.4→29.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1738491.34 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.4335 Å2 / ksol: 0.331681 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.75 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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