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- PDB-1tc3: TRANSPOSASE TC3A1-65 FROM CAENORHABDITIS ELEGANS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tc3
タイトルTRANSPOSASE TC3A1-65 FROM CAENORHABDITIS ELEGANS
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*A P*AP*CP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*AP*GP*TP*TP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*CP*CP*C P*CP*CP*T)-3')
  • PROTEIN (TC3 TRANSPOSASE)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / TRANSPOSASE / DNA BINDING / HELIX-TURN-HELIX / TC1/MARINER FAMILY / COMPLEX (TRANSPOSASE-DNA) / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / DNA recombination / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Tc3 transposase, DNA binding domain / Tc1-like transposase, DDE domain / : / Tc3 transposase / DDE superfamily endonuclease / Transposable element Tc3 transposase, HTH / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ribonuclease H superfamily ...Tc3 transposase, DNA binding domain / Tc1-like transposase, DDE domain / : / Tc3 transposase / DDE superfamily endonuclease / Transposable element Tc3 transposase, HTH / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ribonuclease H superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transposable element Tc3 transposase
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Van Pouderoyen, G. / Ketting, R.F. / Perrakis, A. / Plasterk, R.H.A. / Sixma, T.K.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of the specific DNA-binding domain of Tc3 transposase of C.elegans in complex with transposon DNA.
著者: van Pouderoyen, G. / Ketting, R.F. / Perrakis, A. / Plasterk, R.H. / Sixma, T.K.
履歴
登録1997年7月7日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01997年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*A P*AP*CP*TP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*TP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*CP*CP*C P*CP*CP*T)-3')
C: PROTEIN (TC3 TRANSPOSASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3873
ポリマ－18,3873
非ポリマー00
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.180, 202.790, 62.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*A P*AP*CP*TP*T)-3')


分子量: 6543.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*TP*TP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*CP*CP*C P*CP*CP*T)-3')


分子量: 6029.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (TC3 TRANSPOSASE)


分子量: 5813.720 Da / 分子数: 1 / Fragment: SPECIFIC DNA BINDING DOMAIN, RESIDUES 2 - 52 / Mutation: C-TERMINAL 6-HIS TAG / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
株: BERGERAC / 遺伝子: TC3A / Organelle: NUCLEUS / Variant: TR679 / プラスミド: PRP1200 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): TC3A N1-65 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P34257
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PROTEIN/DNA COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 15% MPD, 100 MM NACL, 20 MM CACL2, 10 MM DTT, 50 MM NA ACETATE PH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MPD11
3NACL11
4CACL211
5DTT11
6NA ACETATE11
7WATER12
8MPD12
9NACL12
10CACL212
11DTT12
12NA ACETATE12
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 55 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1100 mM1reservoirNaCl
220 mM1reservoirCaCl2
313-15 %MPD1reservoir
410 mMdithiothreitol1reservoir
550 mMsodium acetate1reservoir
650 mM1dropNaCl
710 mM1dropCaCl2
86.5-7.5 %1drop
95 mMdithiothreitol1drop
1025 mMsodium acetate1drop
112.25 mg/mlprotein1drop
121

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年8月1日 / 詳細: BW7A SYSTEM
放射モノクロメーター: BW7A SYSTEM / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.45→30 Å / Num. obs: 8089 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 58.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.504 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / Rsym value: 0.504 / % possible all: 67
反射
*PLUS
最高解像度: 2.45 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 89.7 % / Num. measured all: 70943
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 67.1 % / Rmerge(I) obs: 0.438

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
TNT5-E精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.45→20 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / 交差検証法: R FREE THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
詳細: X-PLOR AND REFMAC/ARP WERE USED IN EARLIER STAGES OF REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.318 372 5 %RANDOM
all0.234 8071 --
obs0.234 8071 89 %-
溶媒の処理溶媒モデル: TRONRUD ET AL. / Bsol: 150 Å2 / ksol: 0.75 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数404 834 0 49 1287
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01313430.8
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.20719021.3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d20.447380
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.00572
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0171015
X-RAY DIFFRACTIONt_it5.90912871
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0712510
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5-E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.45 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.234
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d020.437
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d20.005
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr50.017

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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