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万見
- PDB-1tb3: Crystal Structure Analysis of Recombinant Rat Kidney Long-chain H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tb3
タイトルCrystal Structure Analysis of Recombinant Rat Kidney Long-chain Hydroxy Acid Oxidase
要素Hydroxyacid oxidase 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / long chain alpha-hydroxy acid oxidase / flavoprotein / oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


mandelate metabolic process / Peroxisomal lipid metabolism / Peroxisomal protein import / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / fatty acid oxidation / peroxisomal matrix / peroxisome / FMN binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 2-Hydroxyacid oxidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cunane, L.M. / Barton, J.D. / Chen, Z.W. / Le, K.H.D. / Amar, D. / Lederer, F. / Mathews, F.S.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure Analysis of Recombinant Rat Kidney Long Chain Hydroxy Acid Oxidase.
著者: Cunane, L.M. / Barton, J.D. / Chen, Z.W. / Le, K.H.D. / Amar, D. / Lederer, F. / Mathews, F.S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Refined structure of spinach glycolate oxidase at 2 A resolution.
著者: Lindqvist, Y.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Molecular structure of flavocytochrome b2 at 2.4 A resolution.
著者: Xia, Z. / Mathews, F.S.
履歴
登録2004年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxyacid oxidase 3
B: Hydroxyacid oxidase 3
C: Hydroxyacid oxidase 3
D: Hydroxyacid oxidase 3
E: Hydroxyacid oxidase 3
F: Hydroxyacid oxidase 3
G: Hydroxyacid oxidase 3
H: Hydroxyacid oxidase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)317,08324
ポリマ－312,9528
非ポリマー4,13116
水16,214900
1
A: Hydroxyacid oxidase 3
B: Hydroxyacid oxidase 3
C: Hydroxyacid oxidase 3
D: Hydroxyacid oxidase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,54212
ポリマ－156,4764
非ポリマー2,0668
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14440 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area45580 Å2
手法PISA
2
E: Hydroxyacid oxidase 3
F: Hydroxyacid oxidase 3
G: Hydroxyacid oxidase 3
H: Hydroxyacid oxidase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,54212
ポリマ－156,4764
非ポリマー2,0668
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14430 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area45410 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31670 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area88180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.839, 151.100, 222.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Hydroxyacid oxidase 3 / HAOX3 / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / peroxisomal / Long chain alpha-hydroxy acid oxidase / Long- ...HAOX3 / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / peroxisomal / Long chain alpha-hydroxy acid oxidase / Long-chain L-2-hydroxy acid oxidase


分子量: 39119.000 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: HAO3, HAOX3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07523, (S)-2-hydroxy-acid oxidase
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 900 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: sodium acetate, sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID
検出器タイプ: SBC / 検出器: CCD / 日付: 1998年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 171648 / Num. obs: 159633 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 6770 / % possible all: 79.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GOX

1gox


解像度: 2.3→40 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 7147 -RANDOM
Rwork0.239 ---
all-171664 --
obs-142711 83.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20425 0 248 932 21605
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obsTotal num. of bins used
2.3-2.440.37478810.3172X-RAY DIFFRACTION170616
2.44-2.630.35079890.2952X-RAY DIFFRACTION194386
2.63-2.90.312711170.275X-RAY DIFFRACTION220076
2.9-3.320.2913530.2563X-RAY DIFFRACTION244226
3.32-4.180.259413990.2291X-RAY DIFFRACTION258486
4.18-38.910.211214080.1963X-RAY DIFFRACTION267886

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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