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- PDB-1t9a: Crystal structure of yeast acetohydroxyacid synthase in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t9a
タイトルCrystal structure of yeast acetohydroxyacid synthase in complex with a sulfonylurea herbicide, tribenuron methyl
要素Acetolactate synthase, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / acetohydroxyacid synthase / acetolactate synthase / herbicide / sulfonylurea / thiamin diphosphate / FAD / inhibitor / tribenuron methyl
機能・相同性
機能・相同性情報


acetolactate synthase complex / acetolactate synthase / branched-chain amino acid biosynthetic process / acetolactate synthase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / flavin adenine dinucleotide binding / magnesium ion binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic / Acetolactate synthase large subunit, TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding ...Acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic / Acetolactate synthase large subunit, TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1TB / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / PROPYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / Chem-YF3 / Chem-YF4 / Acetolactate synthase catalytic subunit, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者McCourt, J.A. / Pang, S.S. / Guddat, L.W. / Duggleby, R.G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Elucidating the specificity of binding of sulfonylurea herbicides to acetohydroxyacid synthase.
著者: McCourt, J.A. / Pang, S.S. / Guddat, L.W. / Duggleby, R.G.
履歴
登録2004年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetolactate synthase, mitochondrial
B: Acetolactate synthase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,51714
ポリマ－147,1952
非ポリマー3,32112
水16,448913
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13590 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area38560 Å2
手法PISA
2
A: Acetolactate synthase, mitochondrial
B: Acetolactate synthase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Acetolactate synthase, mitochondrial
B: Acetolactate synthase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Acetolactate synthase, mitochondrial
B: Acetolactate synthase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Acetolactate synthase, mitochondrial
B: Acetolactate synthase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)602,06756
ポリマ－588,7818
非ポリマー13,28548
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_665-y+1,x+1,z1
crystal symmetry operation4_465y-1,-x+1,z1
Buried area64020 Å2
ΔGint-288 kcal/mol
Surface area144580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.586, 154.586, 178.799
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number89
Space group name H-MP422
詳細The asymmetric unit contains the minimum biological unit required for activity, a dimer.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Acetolactate synthase, mitochondrial / Acetohydroxy-acid synthase / ALS / AHAS


分子量: 73597.656 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic Subunit / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ILV2, SMR1, YMR108W, YM9718.07 / プラスミド: pET30(c) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07342, acetolactate synthase

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非ポリマー , 8種, 925分子

#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-1TB / METHYL 2-[4-METHOXY-6-METHYL-1,3,5-TRAZIN-2-YL(METHYL)CARBAMOYLSULFAMOYL]BENZOATE / TRIBENURON METHYL / トリベヌロンメチル


分子量: 395.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H17N5O6S
#5: 化合物 ChemComp-YF3 / 2-{[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]AMINO}PROPANE-1-THIOL


分子量: 212.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N4S
#6: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#7: 化合物 ChemComp-P23 / PROPYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE


分子量: 220.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H10O7P2
#8: 化合物 ChemComp-YF4 / 5-{[ETHYL(METHYL)AMINO]METHYL}-2-METHYL-5,6-DIHYDROPYRIMIDIN-4-AMINE


分子量: 180.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 913 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: potassium phosphate, thiamin diphosphate, FAD, magnesium chloride, DTT, tribenuron methyl, Tris-HCl, Lithium sulfate, sodium potassium tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GE (III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→99 Å / Num. obs: 67083 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.72 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.58→2.68 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / Mean I/σ(I) obs: 5.95 / Num. unique all: 5303 / % possible all: 78.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Adxvdata processing
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1N0H

1n0h


解像度: 2.59→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.192 6631 -RANDOM
Rwork0.156 ---
obs0.16 65263 95.1 %-
all-67083 --
原子変位パラメータBiso mean: 51.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.268 Å0.216 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.261 Å0.207 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9059 0 215 913 10187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.157
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
LS精密化 シェル解像度: 2.59→2.69 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 614 -
Rwork0.193 --
obs-6074 79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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