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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1t7p | ||||||
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タイトル | T7 DNA POLYMERASE COMPLEXED TO DNA PRIMER/TEMPLATE,A NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE, AND ITS PROCESSIVITY FACTOR THIOREDOXIN | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/DNA / T7 DNA POLYMERASE / DNA REPLICATION / NUCLEOTIDYL TRANSFERASE / THIOREDOXIN / PROCESSIVITY FACTOR / COMPLEX (HYDROLASE-ELECTRON TRANSPORT-DNA) / TRANSFERASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA synthesis involved in DNA replication / DNA exonuclease activity / viral DNA genome replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA polymerase processivity factor activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / protein-disulfide reductase activity / 3'-5' exonuclease activity / cell redox homeostasis / DNA-templated DNA replication ...DNA synthesis involved in DNA replication / DNA exonuclease activity / viral DNA genome replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA polymerase processivity factor activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / protein-disulfide reductase activity / 3'-5' exonuclease activity / cell redox homeostasis / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T7 (ファージ) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Doublie, S. / Tabor, S. / Long, A.M. / Richardson, C.C. / Ellenberger, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of a bacteriophage T7 DNA replication complex at 2.2 A resolution. 著者: Doublie, S. / Tabor, S. / Long, A.M. / Richardson, C.C. / Ellenberger, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1t7p.cif.gz | 195.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1t7p.ent.gz | 147.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1t7p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1t7p_validation.pdf.gz | 473.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1t7p_full_validation.pdf.gz | 484.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1t7p_validation.xml.gz | 17.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1t7p_validation.cif.gz | 29.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/1t7p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/1t7p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 PT
#1: DNA鎖 | 分子量: 3327.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3943.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#3: タンパク質 | 分子量: 79089.789 Da / 分子数: 1 / Mutation: DEL(118-123) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ) 属: T7-like viruses / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00581, DNA-directed DNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ |
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#4: タンパク質 | 分子量: 11687.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: trxA, Z5291, ECs4714 / 参照: UniProt: P0AA27, UniProt: P0AA25*PLUS |
-非ポリマー , 3種, 507分子
#5: 化合物 | ChemComp-DG3 / | ||
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#6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.7 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: unknown / 詳細: used to seeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 162012 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 20.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Rsym value: 0.15 / % possible all: 86.7 |
反射 | *PLUS Num. obs: 60190 / Num. measured all: 162012 / Rmerge(I) obs: 0.054 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 86.7 % / Rmerge(I) obs: 0.151 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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