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万見
- PDB-1t6s: Crystal structure of a conserved hypothetical protein from Chloro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t6s
タイトルCrystal structure of a conserved hypothetical protein from Chlorobium tepidum
要素conserved hypothetical protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / a winged helix-turn-helix / BSGC structure funded by NIH / Protein Structure Initiative / PSI / Berkeley Structural Genomics Center
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome separation / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chromosome segregation/condensation protein ScpB / Segregation and condensation complex subunit ScpB / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Segregation and condensation protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobium tepidum TLS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kim, J.S. / Shin, D.H. / Kim, R. / Kim, S.H. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of ScpB from Chlorobium tepidum, a protein involved in chromosome partitioning.
著者: Kim, J.S. / Shin, D.H. / Pufan, R. / Huang, C. / Yokota, H. / Kim, R. / Kim, S.H.
履歴
登録2004年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: conserved hypothetical protein
B: conserved hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,25623
ポリマ－36,9542
非ポリマー1,30221
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6480 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area19380 Å2
手法PISA
2
A: conserved hypothetical protein
B: conserved hypothetical protein
ヘテロ分子

A: conserved hypothetical protein
B: conserved hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,51246
ポリマ－73,9084
非ポリマー2,60442
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
Buried area20810 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area30910 Å2
手法PISA
3
A: conserved hypothetical protein
ヘテロ分子

B: conserved hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,25623
ポリマ－36,9542
非ポリマー1,30221
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area20650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.42, 69.42, 117.99
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-467-

HOH

詳細Biological assembly is a dimer in the assymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 conserved hypothetical protein


分子量: 18476.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlorobium tepidum TLS (バクテリア)
生物種: Chlorobaculum tepidum / プラスミド: pB3.1371B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)star / 参照: UniProt: Q8KF54
#2: 化合物...
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.195 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: ammonium nitrate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月25日 / 詳細: W16 wiggler
放射モノクロメーター: curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→500 Å / Num. all: 23372 / Num. obs: 23532 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.67 % / Rsym value: 0.03 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / Rsym value: 0.491 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2531 1064 random
Rwork0.2157 --
all0.23 23484 -
obs0.23 22062 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.75 Å2-1.798 Å20 Å2
2---2.75 Å20 Å2
3---5.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2604 0 84 98 2786
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.24
LS精密化 シェル解像度: 1.95→1.98 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3058 45 -
Rwork0.3086 --
obs-842 90.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3no3.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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