[日本語] English
万見
- PDB-1t6f: Crystal Structure of the Coiled-coil Dimerization Motif of Geminin -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t6f
タイトルCrystal Structure of the Coiled-coil Dimerization Motif of Geminin
要素Geminin
キーワードCELL CYCLE / COILED-COIL
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication preinitiation complex assembly / Switching of origins to a post-replicative state / negative regulation of DNA-templated DNA replication / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / positive regulation of chromatin binding / negative regulation of DNA replication / regulation of DNA replication / negative regulation of cell cycle / Activation of the pre-replicative complex / regulation of mitotic cell cycle ...DNA replication preinitiation complex assembly / Switching of origins to a post-replicative state / negative regulation of DNA-templated DNA replication / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / positive regulation of chromatin binding / negative regulation of DNA replication / regulation of DNA replication / negative regulation of cell cycle / Activation of the pre-replicative complex / regulation of mitotic cell cycle / transcription repressor complex / Assembly of the pre-replicative complex / animal organ morphogenesis / histone deacetylase binding / transcription corepressor activity / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Geminin/Multicilin / Geminin
類似検索 - ドメイン・相同性
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Thepaut, M. / Maiorano, D. / Guichou, J.-F. / Auge, M.-T. / Dumas, C. / Mechali, M. / Padilla, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of the Coiled-coil Dimerization Motif of Geminin: Structural and Functional Insights on DNA Replication Regulation
著者: Thepaut, M. / Maiorano, D. / Guichou, J.-F. / Auge, M.-T. / Dumas, C. / Mechali, M. / Padilla, A.
履歴
登録2004年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Geminin
B: Geminin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8102
ポリマ－8,8102
非ポリマー00
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area5830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)25.120, 43.440, 67.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Geminin


分子量: 4404.987 Da / 分子数: 2 / 断片: COILED-COIL DOMAIN / 変異: A1T / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was synthesized using Fmoc solid-phase peptide synthesis. The sequence of the peptide is naturally found in Homo sapiens (human).
参照: UniProt: O75496
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG 6000, 5% MPD, 100 mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年6月17日 / 詳細: osmic mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→36.52 Å / Num. all: 13979 / Num. obs: 12978 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.44→1.52 Å / % possible all: 88.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E7T

1e7t
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.47→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 1.361 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22103 601 4.9 %RANDOM
Rwork0.17867 ---
all0.1807 ---
obs0.1806 11674 93.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.095 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.13 Å20 Å20 Å2
2--0.77 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数626 0 0 125 751
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.021628
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02572
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1512.006832
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.72531366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.73572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02670
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.0292
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.2154
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2270.2559
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.2331
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1190.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1140.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2990.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1080.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9411.5370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5032590
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3843258
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0074.5242
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.1912628
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.3112125
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.7932626
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.508 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.345 47
Rwork0.316 804
obs-804

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る