PDB-1t6e: Crystal Structure of the Triticum aestivum xylanase inhibitor I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1t6e

タイトル

Crystal Structure of the Triticum aestivum xylanase inhibitor I

要素

xylanase inhibitor

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / two beta-barrel domain structure

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / xylan catabolic process / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Triticum aestivum (コムギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Sansen, S. / De Ranter, C.J. / Gebruers, K. / Brijs, K. / Courtin, C.M. / Delcour, J.A. / Rabijns, A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural basis for inhibition of Aspergillus niger xylanase by triticum aestivum xylanase inhibitor-I
著者: Sansen, S. / De Ranter, C.J. / Gebruers, K. / Brijs, K. / Courtin, C.M. / Delcour, J.A. / Rabijns, A.

履歴

登録	2004年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1t6e.cif.gz	86.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1t6e.ent.gz	63.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1t6e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/1t6e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/1t6e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1t6gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4oki-d 2zhs-d 4k9h-3 3ixj-3 2wu0-4 4wtu-d 3rsc-2 2zhv-d 3a8x-2 4di2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

X: xylanase inhibitor

ヘテロ分子

39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.259, 66.722, 106.063
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The asymmetric unit corresponds to the biological assembly

#1: タンパク質	xylanase inhibitor 分子量: 38862.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q8H0K8, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.15 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium acetate buffer, 23 % PEG4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.811 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月24日 / 詳細: bent mirror
放射	モノクロメーター: triangular monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.811 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 40019 / Num. obs: 35394 / Observed criterion σ(F): 1.41 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.19	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 2 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21391	3939	9.9 %	RANDOM
R_work	0.18221	-	-	-
obs	0.18535	36023	99.41 %	-
all	-	36023	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.662 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.8 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.98 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.22 Å	0.19 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.13 Å	0.09 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2595	0	6	318	2919

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	2671
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2464
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.46	1.988	3656
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.819	3	5751
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.612	5	358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	423
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2976
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	488
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	483
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.251	0.2	2755
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	1607
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	216
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.12	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.253	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.136	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.819	1.5	1802
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.496	2	2894
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.212	3	869
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.648	4.5	762
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.697→1.741 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.254	277
R_work	0.209	2582

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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