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万見
- PDB-1t6d: MIRAS phasing of the Aquifex aeolicus Ppx/GppA phosphatase: cryst... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t6d
タイトルMIRAS phasing of the Aquifex aeolicus Ppx/GppA phosphatase: crystal structure of the type II variant
要素exopolyphosphatase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta protein / Actin-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrophosphatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Ppx/GppA phosphatase / Ppx/GppA phosphatase family / Exopolyphosphatase. Domain 2 / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Exopolyphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / Partial model produced by MIRAS phasing / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Kristensen, O. / Laurberg, M. / Liljas, A. / Kastrup, J.S. / Gajhede, M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Structural characterization of the stringent response related exopolyphosphatase/guanosine pentaphosphate phosphohydrolase protein family
著者: Kristensen, O. / Laurberg, M. / Liljas, A. / Kastrup, J.S. / Gajhede, M.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2001
タイトル: Role of inorganic polyphosphate in promoting ribosomal protein degradation by the Lon protease in E. coli
著者: Kuroda, A. / Nomura, K. / Ohtomo, R. / Kato, J. / Ikeda, T. / Takiguchi, N. / Ohtake, H. / Kornberg, A.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Guanosine pentaphosphate phosphohydrolase of Escherichia coli is a long-chain exopolyphosphatase
著者: Keasling, J.D. / Bertsch, L. / Kornberg, A.
#3: ジャーナル: Trends Biochem.Sci. / 年: 1993
タイトル: Exopolyphosphate phosphatase and guanosine pentaphosphate phosphatase belong to the sugar kinase/actin/hsp 70 superfamily
著者: Reizer, J. / Reizer, A. / Saier Jr., M.H. / Bork, P. / Sander, C.
履歴
登録2004年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: exopolyphosphatase
B: exopolyphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4475
ポリマ－72,2542
非ポリマー1933
水6,017334
1
A: exopolyphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2853
ポリマ－36,1271
非ポリマー1582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: exopolyphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1632
ポリマ－36,1271
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.461, 83.565, 69.764
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological relevant unit is monomeric.

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要素

#1: タンパク質 exopolyphosphatase / Ppx/GppA phosphatase


分子量: 36127.094 Da / 分子数: 2 / 変異: V82M, C138M, V306M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: ppx / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS
参照: UniProt: O67040, exopolyphosphatase, guanosine-5'-triphosphate,3'-diphosphate phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG4000, PEG400, TRIS, acetic acid, magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月29日 / 詳細: Sagitally focusing Ge(220) and a multilayer
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. all: 66436 / Num. obs: 66436 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / Num. unique all: 10090 / Rsym value: 0.287 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
ARP/wARPモデル構築
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: Partial model produced by MIRAS phasing
解像度: 2.15→29.06 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2055074.01 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Anomalous data was used in refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1348 2 %RANDOM
Rwork0.206 ---
all0.207 66398 --
obs0.206 66398 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.2396 Å2 / ksol: 0.335738 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.27 Å20 Å21 Å2
2--4.41 Å20 Å2
3----1.14 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→29.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4850 0 10 334 5194
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.551.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.482
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.252
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.382.5
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 239 2.2 %
Rwork0.237 10870 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CSX.PARAMCSX.TOP
X-RAY DIFFRACTION5TRS.PARAMTRS.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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