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- PDB-1t5k: Crystal structure of amicyanin substituted with cobalt -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t5k
タイトルCrystal structure of amicyanin substituted with cobalt
要素Amicyanin
キーワードELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Amicyanin, Paracoccus/Methylobacterium / Amicyanin / : / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins ...Amicyanin, Paracoccus/Methylobacterium / Amicyanin / : / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Amicyanin
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Carrell, C.J. / Wang, X. / Jones, L. / Jarrett, W.L. / Davidson, V.L. / Mathews, F.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Crystallographic and NMR Investigation of Cobalt-Substituted Amicyanin.
著者: Carrell, C.J. / Wang, X. / Jones, L. / Jarrett, W.L. / Davidson, V.L. / Mathews, F.S.
履歴
登録2004年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amicyanin
B: Amicyanin
C: Amicyanin
D: Amicyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,73113
ポリマ－46,0214
非ポリマー7119
水11,115617
1
A: Amicyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8495
ポリマ－11,5051
非ポリマー3444
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Amicyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6593
ポリマ－11,5051
非ポリマー1542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Amicyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6593
ポリマ－11,5051
非ポリマー1542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Amicyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5642
ポリマ－11,5051
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.701, 56.401, 58.706
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Amicyanin


分子量: 11505.171 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
遺伝子: MAUC, AMI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22364
#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 617 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5
詳細: 3.6 M monobasic sodium phosphate, 0.4 M dibasic potassium phosphate, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→57.7 Å / Num. all: 71330 / Num. obs: 71330 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 6596 / Rsym value: 0.273 / % possible all: 91.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4(MOLREP)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→57.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.79 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 3598 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
all0.184 71330 --
obs0.184 67713 97.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.843 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.51 Å20 Å20.42 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3---1.04 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→57.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3240 0 29 617 3886
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223356
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022977
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6951.9514547
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76836967
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5643416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.61815581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023672
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02624
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2580.3589
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2090.32721
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.5511
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1960.51
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2430.332
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2270.364
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2120.578
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9321.52104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5723408
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.38631252
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.894.51139
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.401→1.437 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.258 232
Rwork0.236 4511

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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