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- PDB-1t3d: Crystal structure of Serine Acetyltransferase from E.coli at 2.2A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t3d
タイトルCrystal structure of Serine Acetyltransferase from E.coli at 2.2A
要素Serine acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / left-handed-beta-helix / dimer of trimers
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine synthase complex / serine O-acetyltransferase / serine O-acetyltransferase activity / cysteine biosynthetic process from serine / response to X-ray / cytosol
類似検索 - 分子機能
serine acetyltransferase, domain 1 / serine acetyltransferase, domain 1 / Serine O-acetyltransferase / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / : / Serine acetyltransferase, N-terminal domain superfamily / Serine acetyltransferase, LbH domain / Hexapeptide transferase, conserved site ...serine acetyltransferase, domain 1 / serine acetyltransferase, domain 1 / Serine O-acetyltransferase / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / : / Serine acetyltransferase, N-terminal domain superfamily / Serine acetyltransferase, LbH domain / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins / Hexapeptide repeat / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYSTEINE / Serine acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pye, V.E. / Tingey, A.P. / Robson, R.L. / Moody, P.C.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: The Structure and Mechanism of Serine Acetyltransferase from Escherichia coli
著者: Pye, V.E. / Tingey, A.P. / Robson, R.L. / Moody, P.C.E.
履歴
登録2004年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine acetyltransferase
B: Serine acetyltransferase
C: Serine acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,1086
ポリマ－94,7453
非ポリマー3633
水7,494416
1
A: Serine acetyltransferase
B: Serine acetyltransferase
C: Serine acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Serine acetyltransferase
B: Serine acetyltransferase
C: Serine acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,21712
ポリマ－189,4906
非ポリマー7276
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area22830 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area45570 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)121.980, 121.980, 127.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Serine acetyltransferase / SAT


分子量: 31581.611 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: CYSE, B3607, C4429, Z5034, ECS4485, SF3646, S4122
プラスミド: pCOCE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P0A9D4, serine O-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: MES, MPD, sodium thiocyanate, cysteine, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 51271 / Num. obs: 51271 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 6351 / % possible all: 77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.855 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Refinement was carried out in CNS prior to REFMAC with a randomly selected cross validation set of 10.1%, 5175 reflections, of data. A set of 10.2%, 712 reflections, was used from the highest ...詳細: Refinement was carried out in CNS prior to REFMAC with a randomly selected cross validation set of 10.1%, 5175 reflections, of data. A set of 10.2%, 712 reflections, was used from the highest shell. R-work=17.5 (18.4 in the highest shell). Free-R=17.7 (19.4 in the highest shell). HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.177 5175 10 %random
Rwork0.151 ---
all0.175 51270 --
obs0.175 51270 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.188 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å20.37 Å20 Å2
2--0.74 Å20 Å2
3----1.1 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å / Luzzati sigma a obs: 0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5907 0 21 416 6344
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0216045
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025616
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6421.9558196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.904313056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5465783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2936
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.026768
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.021131
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.21441
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2480.26697
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.23618
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.2337
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2970.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3130.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1460.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8881.53915
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.726270
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.34932130
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3394.51926
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 721 -
Rwork0.179 2892 -
obs-6351 77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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