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万見
- PDB-1t17: Solution Structure of the 18 kDa Protein CC1736 from Caulobacter ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t17
タイトルSolution Structure of the 18 kDa Protein CC1736 from Caulobacter crescentus: The Northeast Structural Genomics Consortium Target CcR19
要素conserved hypothetical protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / beta-alpha-beta-beta-beta-beta-beta-beta-helix / protein structure initiative / PSI / NESG / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular respiration / ubiquinone binding
類似検索 - 分子機能
Coenzyme Q-binding protein COQ10-like / Coenzyme Q-binding protein COQ10, START domain / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Coenzyme Q-binding protein COQ10 START domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter crescentus (バクテリア)
手法溶液NMR
データ登録者Shen, Y. / Atreya, H.S. / Acton, T. / Xiao, R. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: NMR structure of the 18 kDa protein CC1736 from Caulobacter crescentus identifies a member of the START domain superfamily and suggests residues mediating substrate specificity.
著者: Shen, Y. / Goldsmith-Fischman, S. / Atreya, H.S. / Acton, T. / Ma, L. / Xiao, R. / Honig, B. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.
履歴
登録2004年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: conserved hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6871
ポリマ－16,6871
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations,target function
代表モデルモデル #1fewest violations,lowest energy

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要素

#1: タンパク質 conserved hypothetical protein


分子量: 16687.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter crescentus (バクテリア)
生物種: Caulobacter vibrioides / 株: CB15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9A7I7

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
131HNHA
141RD (H)CCH-COSY
151RD HABCAB(CO)NHN
161HN(CA)CB

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試料調製

詳細内容: U-15N,13C labeled CC1736: 5% D2O, 0.02% NaN3, 10mM DTT, 5mM CaCl2, 100mM NaCl, 20mM MES, pH 6.5
溶媒系: 5% D2O, 95% H2O
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5Peter Guntert構造決定
PROSA6Peter Guntert解析
DYANA1.5Peter Guntert精密化
代表構造選択基準: fewest violations,lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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