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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1t14 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of LUSH from Drosophila melanogaster: apo protein | ||||||
![]() | lush | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / LUSH / ALCOHOL / ODORANT BINDING | ||||||
機能・相同性 | ![]() diphenyl phthalate binding / courtship behavior / response to pheromone / dibutyl phthalate binding / pheromone binding / olfactory behavior / odorant binding / sensory perception of smell / response to ethanol / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kruse, S.W. / Jones, D.N.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The role of multiple hydrogen-bonding groups in specific alcohol binding sites in proteins: insights from structural studies of LUSH. 著者: Thode, A.B. / Kruse, S.W. / Nix, J.C. / Jones, D.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 383.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 384.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | There are two biological units in the assymetric unit, chains A and B |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14215.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: lush / プラスミド: pET13a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.72 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG 4000, Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月31日 / 詳細: OSMIC BLUE OPTICS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→50 Å / Num. all: 20245 / Num. obs: 19577 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 28.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.282 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1OOF 解像度: 1.86→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.794 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.86→1.959 Å / Total num. of bins used: 10 /
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