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- PDB-1t13: Crystal Structure Of Lumazine Synthase From Brucella Abortus Boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t13
タイトルCrystal Structure Of Lumazine Synthase From Brucella Abortus Bound To 5-nitro-6-(D-ribitylamino)-2,4(1H,3H) pyrimidinedione
要素6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine synthase / Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine/riboflavin synthase superfamily / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-INI / PHOSPHATE ION / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 2 / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Klinke, S. / Zylberman, V. / Vega, D.R. / Guimaraes, B.G. / Braden, B.C. / Goldbaum, F.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystallographic studies on Decameric Brucella spp. Lumazine Synthase: A Novel Quaternary Arrangement Evolved for a New Function?
著者: Klinke, S. / Zylberman, V. / Vega, D.R. / Guimaraes, B.G. / Braden, B.C. / Goldbaum, F.A.
履歴
登録2004年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32013年1月16日Group: Structure summary
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.52019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing
改定 1.62023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
B: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
C: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
D: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
E: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,91615
ポリマ－86,9105
非ポリマー2,00610
水1,60389
1
A: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
B: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
C: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
D: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
E: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
ヘテロ分子

A: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
B: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
C: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
D: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
E: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,83130
ポリマ－173,81910
非ポリマー4,01220
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
Buried area36340 Å2
ΔGint-293 kcal/mol
Surface area45050 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)126.321, 126.321, 165.669
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The biological assembly is a dimer of pentamers which can be generated applying crystallographic symmetry operations to the pentamer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / DMRL synthase / Lumazine synthase / Riboflavin synthase beta chain


分子量: 17381.900 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella abortus (ウシ流産菌) / 遺伝子: RIBH, BMEII0589, BRA0695 / プラスミド: pET11b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q44668, UniProt: P61711*PLUS, 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-INI / 5-NITRO-6-RIBITYL-AMINO-2,4(1H,3H)-PYRIMIDINEDIONE


分子量: 306.229 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N4O8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.8 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 400, 0.1M Na MES pH=6.5, 0.1M Na Acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 115 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.431 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月11日 / 詳細: Si single-crystal
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.431 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→52 Å / Num. obs: 34456 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 63.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 4980 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DI0

1di0


解像度: 2.9→52 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: The following residues were not located in the electronic density: Chain A: Met3, Asn4, Gln5, Ser6, Cys7, Pro8, Asn9, Val157. Chain B: Met3, Asn4, Gln5, Ser6, Cys7, Pro8, Asn9, Lys10, Thr11, ...詳細: The following residues were not located in the electronic density: Chain A: Met3, Asn4, Gln5, Ser6, Cys7, Pro8, Asn9, Val157. Chain B: Met3, Asn4, Gln5, Ser6, Cys7, Pro8, Asn9, Lys10, Thr11, Leu156, Val157. Chain C: Met3, Asn4, Gln5, Ser6, Cys7, Pro8, Asn9, Lys10, Thr11, Leu156, Val157. Chain D: Met3, Asn4, Gln5, Ser6, Cys7, Pro8, Asn9, Lys10, Leu156, Val157. Chain E: Met3, Asn4, Gln5, Ser6, Cys7, Pro8, Asn9, Lys10, Leu156, Val157. The following residues present poor or missing side-chain electronic density and were modeled as alanine: Chain A: Arg152. Chain B: Glu121. Chain D: Thr11. Chain E: Thr11.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 1706 -random
Rwork0.217 ---
all-34456 --
obs-34200 99.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5739 0 130 89 5958
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0068
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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