[日本語] English
万見
- PDB-1t0z: Structure of an Excitatory Insect-specific Toxin with an Analgesi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t0z
タイトルStructure of an Excitatory Insect-specific Toxin with an Analgesic Effect on Mammalian from Scorpion Buthus martensii Karsch
要素insect neurotoxin
キーワードTOXIN / alpha-beta
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel inhibitor activity / defense response / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-insect excitatory toxin BmK IT-AP
類似検索 - 構成要素
生物種Mesobuthus martensii (サソリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Li, C. / Guan, R.-J. / Xiang, Y. / Zhang, Y. / Wang, D.-C.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of an excitatory insect-specific toxin with an analgesic effect on mammals from the scorpion Buthus martensii Karsch.
著者: Li, C. / Guan, R.J. / Xiang, Y. / Zhang, Y. / Wang, D.C.
#1: ジャーナル: Toxicon / 年: 1999
タイトル: Molecular characterization of a new excitatory insect neurotoxin with an analgesic effect on mice from the scorpion Buthus martensii Karsch
著者: Xiong, Y.-M. / Lan, Z.-D. / Wang, M. / Liu, B. / Liu, X.-Q. / Fei, H. / Xu, L.-G. / Xia, Q.-C. / Wang, C.-G. / Wang, D.-C. / Chi, Z.-W.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analyses of insect neurotoxins with analgesic effect from the scorpion Buthus martensii Karsch
著者: Guan, R.-J. / Liu, X.-Q. / Liu, B. / Wang, M. / Wang, D.-C.
履歴
登録2004年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: insect neurotoxin
B: insect neurotoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,38713
ポリマ－16,3312
非ポリマー1,05711
水1,18966
1
A: insect neurotoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9349
ポリマ－8,1651
非ポリマー7698
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: insect neurotoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4534
ポリマ－8,1651
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: insect neurotoxin
B: insect neurotoxin
ヘテロ分子

A: insect neurotoxin
B: insect neurotoxin
ヘテロ分子

A: insect neurotoxin
B: insect neurotoxin
ヘテロ分子

A: insect neurotoxin
B: insect neurotoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,54952
ポリマ－65,3228
非ポリマー4,22744
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/31
Buried area14660 Å2
ΔGint-742 kcal/mol
Surface area32290 Å2
手法PISA
4
A: insect neurotoxin
ヘテロ分子

A: insect neurotoxin
ヘテロ分子

B: insect neurotoxin
ヘテロ分子

B: insect neurotoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,77426
ポリマ－32,6614
非ポリマー2,11322
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/31
Buried area5850 Å2
ΔGint-359 kcal/mol
Surface area17630 Å2
手法PISA
5
A: insect neurotoxin
ヘテロ分子

A: insect neurotoxin
ヘテロ分子

B: insect neurotoxin
ヘテロ分子

B: insect neurotoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,77426
ポリマ－32,6614
非ポリマー2,11322
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+2/31
crystal symmetry operation5_565y,-x+y+1,z+1/31
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
Buried area6280 Å2
ΔGint-367 kcal/mol
Surface area17190 Å2
手法PISA
6
A: insect neurotoxin
ヘテロ分子

A: insect neurotoxin
ヘテロ分子

B: insect neurotoxin
ヘテロ分子

B: insect neurotoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,77426
ポリマ－32,6614
非ポリマー2,11322
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+2/31
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z+1/31
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/31
Buried area5640 Å2
ΔGint-330 kcal/mol
Surface area17830 Å2
手法PISA
7
A: insect neurotoxin
B: insect neurotoxin
ヘテロ分子

A: insect neurotoxin
B: insect neurotoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,77426
ポリマ－32,6614
非ポリマー2,11322
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
Buried area6530 Å2
ΔGint-360 kcal/mol
Surface area16950 Å2
手法PISA
8
A: insect neurotoxin
ヘテロ分子

B: insect neurotoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,38713
ポリマ－16,3312
非ポリマー1,05711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
Buried area2590 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area9150 Å2
手法PISA
9
A: insect neurotoxin
ヘテロ分子

A: insect neurotoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,86818
ポリマ－16,3312
非ポリマー1,53716
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+2/31
Buried area3660 Å2
ΔGint-219 kcal/mol
Surface area8590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.971, 64.971, 173.482
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-143-

HOH

21A-148-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 insect neurotoxin


分子量: 8165.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mesobuthus martensii (サソリ) / 参照: UniProt: O77091
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.99 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: ammonium sulfate, Dioxane, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 283 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→500 Å / Num. obs: 7244 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 41.7 Å2
反射 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→29.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 102842.89 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 763 10.9 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs-7027 97.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.3929 Å2 / ksol: 0.360574 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å22.19 Å20 Å2
2--0.42 Å20 Å2
3----0.84 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1136 0 55 66 1257
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 112 10.6 %
Rwork0.242 942 -
obs--91.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMINP.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る