ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | SOLVE | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→29.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 720128.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.227 | 2378 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.209 | - | - | - |
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all | 0.21 | 50321 | - | - |
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obs | 0.209 | 47341 | 93.9 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.1296 Å2 / ksol: 0.393968 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.6 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.72 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 8.87 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -8.15 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.21 Å | 0.18 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.24 Å | 0.22 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.46 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2305 | 0 | 16 | 243 | 2564 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.018 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.5 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d21 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.09 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it2.72 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it3.68 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it5.36 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it7.75 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 10
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.365 | 215 | 5.4 % |
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Rwork | 0.335 | 3784 | - |
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obs | - | 3992 | 80.3 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | CARBOHYDRATE.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | ION.PARAMACETATE_TOPOLOGY.FILX-RAY DIFFRACTION | 4 | WATER_REP.PARAMION.TOPX-RAY DIFFRACTION | 5 | ACETATE_PARAMETER.FIL | | | | | | | | | |
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