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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1syb | ||||||
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タイトル | TRANSFER OF A BETA-TURN STRUCTURE TO A NEW PROTEIN CONTEXT | ||||||
要素 | STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE(PHOSPHORIC DIESTER) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / micrococcal nuclease / nucleic acid binding / extracellular region / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Hynes, T.R. / Kautz, R.A. / Goodman, M.A. / Gill, J.F. / Fox, R.O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1989 タイトル: Transfer of a beta-turn structure to a new protein context. 著者: Hynes, T.R. / Kautz, R.A. / Goodman, M.A. / Gill, J.F. / Fox, R.O. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 1991 タイトル: The Crystal Structure of Staphylococcal Nuclease Refined at 1.7 Angstroms Resolution 著者: Hynes, T.R. / Fox, R.O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1syb.cif.gz | 42.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1syb.ent.gz | 28.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1syb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1syb_validation.pdf.gz | 448 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1syb_full_validation.pdf.gz | 451.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1syb_validation.xml.gz | 5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1syb_validation.cif.gz | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/1syb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/1syb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 117 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16798.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: P00644, micrococcal nuclease |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-THP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.38 % |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: Arnone, A., (1969) Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 64, 420. |
-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 13418 / % possible obs: 93 % / Num. measured all: 29913 / Rmerge(I) obs: 0.023 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.8→8 Å / Rfactor obs: 0.16 / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |