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万見
- PDB-1sxr: Drosophila Peptidoglycan Recognition Protein (PGRP)-SA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sxr
タイトルDrosophila Peptidoglycan Recognition Protein (PGRP)-SA
要素Peptidoglycan recognition protein SA CG11709-PA
キーワードIMMUNE SYSTEM / Pattern Recognition Receptor / peptidoglycan / innate immunity / Toll pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll receptor ligand protein activation cascade / Antimicrobial peptides / positive regulation of biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-positive bacteria / muramyl dipeptide binding / muramoyltetrapeptide carboxypeptidase / muramoyltetrapeptide carboxypeptidase activity / peptidoglycan immune receptor activity / response to peptidoglycan / Neutrophil degranulation / peptidoglycan binding ...Toll receptor ligand protein activation cascade / Antimicrobial peptides / positive regulation of biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-positive bacteria / muramyl dipeptide binding / muramoyltetrapeptide carboxypeptidase / muramoyltetrapeptide carboxypeptidase activity / peptidoglycan immune receptor activity / response to peptidoglycan / Neutrophil degranulation / peptidoglycan binding / pattern recognition receptor activity / peptidoglycan catabolic process / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan recognition protein, PGRP-S / Peptidoglycan recognition protein family domain, metazoa/bacteria / Peptidoglycan recognition protein / Animal peptidoglycan recognition proteins homologous to Bacteriophage T3 lysozyme. / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily ...Peptidoglycan recognition protein, PGRP-S / Peptidoglycan recognition protein family domain, metazoa/bacteria / Peptidoglycan recognition protein / Animal peptidoglycan recognition proteins homologous to Bacteriophage T3 lysozyme. / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidoglycan-recognition protein SA
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Reiser, J.B. / Teyton, L. / Wilson, I.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the Drosophila peptidoglycan recognition protein (PGRP)-SA at 1.56 A resolution
著者: Reiser, J.B. / Teyton, L. / Wilson, I.A.
#1: ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2003
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF PEPTIDOGLYCAN RECOGNITION PROTEIN LB FROM DROSOPHILA MELANOGASTER
著者: Kim, M.S. / Byun, M. / Oh, B.H.
履歴
登録2004年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidoglycan recognition protein SA CG11709-PA
B: Peptidoglycan recognition protein SA CG11709-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0328
ポリマ－40,5922
非ポリマー4406
水6,990388
1
A: Peptidoglycan recognition protein SA CG11709-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5785
ポリマ－20,2961
非ポリマー2824
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Peptidoglycan recognition protein SA CG11709-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4543
ポリマ－20,2961
非ポリマー1582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
A: Peptidoglycan recognition protein SA CG11709-PA
ヘテロ分子

B: Peptidoglycan recognition protein SA CG11709-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0328
ポリマ－40,5922
非ポリマー4406
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x+1/2,y-1/2,-z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area16730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.29, 64.42, 45.87
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-451-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Peptidoglycan recognition protein SA CG11709-PA


分子量: 20295.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: pRMHa3 / Cell (発現宿主): SC2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VYX7
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.43 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.3 to 1.5 M Li2SO4 and 0.1 M MES , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.069 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.069 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→45.13 Å / Num. all: 54845 / Num. obs: 54845 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.56→1.62 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 5148 / Rsym value: 0.451 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.9999精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OHT

1oht


解像度: 1.56→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 1.427 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: SSBOND were refined as partially reduced
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 5275 10.1 %RANDOM
Rwork0.177 ---
all0.181 52381 --
obs0.181 52381 94.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å2-0.52 Å2
2---0.71 Å20 Å2
3---0.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2714 0 26 388 3128
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0212848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2991.9193870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8015344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.26724.638138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.73415448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.726158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022192
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.31285
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.5489
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2370.343
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2160.536
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9281.51752
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.38722750
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.32431261
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0344.51120
LS精密化 シェル解像度: 1.56→1.6 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.29 317
Rwork0.233 2635
obs-2952

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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